Büyük Resmi Görebilmek

Aslında her şey bir soru cümlesiyle başladı:”Biyoinformatiği biliyor musun?”. Cevabı hayır olan bu soru için , eğer yaşamımda bana yeni ufuklar açacak, hayata daha farklı bakmamı sağlayacaksa elbette ki bir cevap bulunmalıydı. İşte tam bu noktada başladı araştırmalarım ve biyoinformatik alanında paylaşımlar yapan bir blog sitesini takip etmeye başladım. Sonrasında ise takip ettiğim bu biyoinformatik blogundan biyoinformatik alanında yaz stajı diye bir çağrı geldi.

Veda Zamanı

"Staj, öğrencilerin eğitim-öğretim dönemlerinde edindikleri teorik bilgilerin veya laboratuvar ölçekli pratik uygulamaların, büyük ölçekli endüstriyel üretimlerde nasıl yer aldığını gördükleri, çalışmalara aktif olarak katılarak bilgi ve becerilerini geliştirdikleri, mesleğe ilk adım attıkları önemli bir süreçtir." 

Merhaba,

Bu yaz GenKöK Biyoinformatik departmanında yaptığımız stajın sonuna geldik. Türkiye şartlarına göre ortalamanın çok üzerinde bir staj dönemi geçirdiğimi rahatlıkla söyleyebilirim. Üniversitedeki arkadaşlarıma stajda neler yaptıklarını soruyorum, genelde üretim süreçlerine katılamadıklarından ve fotokopi çekmekten yakınıyorlar. Fakat bu staj, bir stajdan daha çok bize bireysel eğitim imkanı sağladı. 

25 Ağustos Haftası

25 Ağustos haftası, bu yaz gerçekleştirdiğimiz çalışmaların son haftası. Tüm çalışmaların özetini ayrıca paylaşmayı planlıyorum, bu nedenle bu yazıda sadece bu hafta neler yaptığımızı özetleyeceğim.

Tuna Projesi üzerine fikir çilem devam etti bu hafta da. Bu projeyi nasıl herkese açık hale getirebiliriz, bunu düşünüyorum. Böylece ortaya hem büyük bir ürün çıkarabiliriz, hem de öğrenme sürecine dahil olmak isteyen herkes için büyük bir fırsat olur. Her neyse, ilerleyen zamanlarda bunu göreceğiz.

Eylül'ü Seçtim, Çünkü O Vedalara Pek Bir Alışık..

Eğitim başladığından itibaren büyük resimden bahsediliyordu. Şimdi büyük resmin içindeyim ve resme bakarken fark ettiklerimi, kazandıklarımı yazıya dökmek istiyorum. Ahmet Raşit Hocamız “Her zaman kendinize dışarıdan bakan ve size davranışlarınızı objektif olarak analiz etmenizi sağlayan ikinci bir ben tutun.” derdi. Kimilerine bu tabir şizofreni belirtisi gibi gelebilir fakat bunu başarabilirseniz daha doğru adımlar atabilirsiniz.

Uzun süredir bir “ben” daha var, benden öte... Beni sürekli uyaran, sevgiyi doğruyla karıştırmayan ve yol gösteren. Bugün onun dilinden yazacağım.

Her Son Bir Başlangıçtır

Herkese Merhabalar,

Artık stajın sonuna geldik. Oldukça eğlenceli ve öğretici geçen bir eğitimin sonuna gelmek bizim için çok üzücü. İnsan keşke daha uzun sürseydi demeden edemiyor. Bu son yazımda sizlere burada neler kazandım, benim için neleri değiştirdi bu staj bunlardan bahsedeceğim.

Bu staj için hayatımda yaşadığım en farklı deneyimlerden biri oldu diyebilirim. Başka stajlarda yapmıştım daha önce ama bu onlardan daha farklıydı. Diğerleri zaten laboratuarlarda geçen stajlardı bu yönden bakınca bile bu staj zaten farklı ama burada yapılan sadece bir staj değildi. Burada sadece biyoinformatik üzerine eğitim almadık. Çok iyi bir şekilde programlanmış bu yaz stajına dahil olduğum için Ahmet Hoca’ya ne kadar teşekkür etsem az olur.

18 Ağustos Haftası

18 Ağustos'ta aramıza iki ekip üyesi daha katıldı: Hana ve Mehmet Akif. Artık standart hale gelen eğitim sürecinden onlar da geçmeye başladılar. Bildiğiniz gibi süreç Scratch'de önceden belirlenen oyunları yazarak başlıyor. Ardından Python kullanarak yine önceden tanımlanmış problemleri çözerek devam ediliyor. 

Diğer ekip üyeleriyle ise Django'da web uygulaması geliştirme üzerinde çalışmaya devam ettik. Yine saatler boyunca hatalarla boğuştular, fakat sonunda bir şekilde bu hataların üstesinden gelerek aşama aşama çalışan uygulamalar ortaya koydular. D3'ü başarılı bir şekilde Tuna Projesi'ne entegre ettiğimizden de bahsetmemiz gerek. İlk aşamada, verilen bir gen üzerindeki bölgesel GC oranlarını bir grafikte gösterdik. Buna ek olarak aktivitelerimiz arasına Coursera'daki Machine Learning dersini de ekledik; dersleri birlikte takip ediyor ve konuları tartışarak ilerliyoruz.

Zamanlardan ' VEDA ' Zamanı...

Merhabalar...

Vedaları hayatım boyunca hiç sevmedim. Biyoinformatik stajımızın son günlerine geldiğimizi üzülerek söylemeliyim. Ortak blog yazılarımda sizlere veda ediyorum ama beni kişisel bloğumdan takip edebilirsiniz. 

01.09.2014 - Veda İçin "Çak Bir Selam..."

Herkese merhabalar,

Stajımız 12. haftasını doldurmaya doğru yol alırken, üzülerek de olsa bu yazının son blog yazım olduğunu sizlere söylemem gerek. Stajımız hiç ama hiç istememe rağmen bitişe yaklaşıyor. Her ne kadar bağları koparmadan projelerimize ve çalışmalarımıza devam edecek olsak da, yan yana olmak aynı havayı solumak hepimize gerçekten çok iyi geliyor. Bu yazı benim için biraz duygusal bir yazı olacak gibi gözüküyor...

28 Ağustos

Merhaba arkadaşlar,

Genom ve Kök Hücre merkezinde 1-3 Eylül tarihleri arasında  " 1st International Advisory Board Meeting " programı düzenlenecek. Bu kapsamda bugün, programa katılacak uluslararası konuşmacılar hakkında sunumlar hazırladık. Herkes bir veya iki konuşmacı hakkında araştırma yapıp bize kısa özgeçmişlerini ve çalışma alanları hakkında hazırladıkları sunumları yaptı. Böylece hepimiz konuşmacılar hakkında bilgi edindik.

27 Ağustos

Herkese merhaba,

Son metrelere girdiğimiz şu günlerde oldukça yoğun bir program ile karşı karşıyayız. O kadar çok yapılacak şey var ki günler yetmiyor. Machine learning, sunumlar, yaklaşan etkinlikler, D3, Tuna ve çıkaracağımız kitap bu aralar üzerine ciddi bir şekilde üzerine zaman harcadığımız konular.

26 Ağustos

Merhaba,

Yaz stajı eğitimimiz git gide son şeklini alırken bazı şeyler daha da yerine oturmaya başladı. Bu hafta için de programımızı yaptıktan sonra kaldığımız yerden çalışmaya devam ettik.

Kısaca bu haftaki programımızdan bahsedecek olursam, şu an en önemli görevimiz çıkaracağımız biyoinformatik kitabımız hakkında araştırma yapmak, kitapta neler olması gerektiği üzerinde konuşmak ve biyoinformatik meraklılarına hitap edecek, onların tüm beklentilerini karşılayabilecek güzel bir çalışma ortaya koymak. Bunun için eğitimde kalan tüm stajyelerle birlikte durmadan düşünüyoruz, durmadan ortaya ürün koymaya çalışıyoruz. Sizler için çıkaracağımız kitabımıza maddi olarak yardımda bulunabilecek okuyucularımıza da buradan bir seslenmiş olalım :). Türkiye' de belki de tarzında bir ilk olacak kitabımız, aynı zamanda biyoinformatik kaynaklarındaki Türkçe yetersizliğe karşı güzel bir başlangıç olacak.

25.08.2014 - Az zaman, çok iş...

Herkese merhabalar,

Dışarıda havanın nefes alınamayacak kadar sıcak olduğu şu günlerde, GenKök’ te klimalarımızın altında sabahın erken saatlerinden gecenin ilerleyen saatlerine kadar çalışmalarımıza devam ediyoruz. Stajın son ayında olmamızdan ötürü içimizde bir hüzün olsa da, yetiştirilmesi gereken projelerimiz, bitmesi gereken çalışmalarımız devam ediyor.

22 Agustos - Veriler ve Öğrenme

Merhaba, 

Bugüne Tuna projemizde kullacağımız özellikler için pythonda programlar yazarak başladık. Bu programlar verilen genler üzerinde metin bazlı  işlemler yaparak araştırma yapan kişiye bazı bilgileri veriyor.Tuna projemizde öncelikli amacımız, gen üzerinde yapılan araştırmalara farklı bir pencereden bakmak. Bu hedefimiz doğrultusunda, bugün küçük programlar yazarak projemize sürekli yeni özellikler ekledik.Yazdığımız bu programları kullanarak,  verilen gen üzerinde belirli parçaların ortak özelliklerini ve belirgin noktalarını gözlemleyebiliyoruz.Programlarımızı yazdıktan sonra sırada verilerimizin görselleştirilmesi vardı.Görselleştirme için D3 (Data Driven Documents) sitesini kullandık.D3 bir javascript kütüphanesi ve bu kütüphaneyi HTML,CSS ve Djangoya beraber kullanarak verilerimize hayat veriyoruz.

21 Ağustos

Merhaba arkadaşlar,

Bugün Machine Learning konusunda online dersleri takip etmeye devam ediyoruz. Stanford Üniversitesi'nden Andrew Ng nin Coursera'daki derslerini takip ederken Ahmet hocamızda bizimle birlikte derslere katılıyor ve kavramakta zorlandığımız noktalarda bize mantığını anlatarak konuyu daha iyi anlamamızı sağlıyor.Machine Learning derslerini izlerken farkettiğimiz bir nokta, elimizdeki verileri iki boyutlu ortama aktararak problemin bir geometri problemine dönüşmesi.

Fikir Bağı

Tekrar merhabalar,

Geçen hafta stajımın bitmesi nedeniyle artık gün içinde neler yaptık, neler öğrendik diye yazamamaktayım. O yüzden bu sefer sizlere beş hafta süren stajımın benim için nasıl geçtiğinden bahsedeceğim. Stajımızın ismi “Biyoinformatik Yaz Stajı”. Fakat bu stajda biyoinformatikten kesinlikle çok daha fazlası var. Öyle ki öğrendiklerimi düşünüp gözden geçirirken bütün bunları beş haftada mı yapmışız diye şaşırıyorum. 

11 Ağustos Haftası

11 Ağustos haftası Bayes ve  Django üzerine deneyim kazanıldığı bir haftaydı. Bir önceki hafta başladığımız çalışmayı bu hafta daha da geliştirdik ve çalışan bir web uygulaması geliştirdik. Bayes'i ne kadar önemsediğimden daha önce de bahsetmiştim; bu çalışma Bayes üzerinde daha fazla zaman geçirmek açısından bence gayet güzel bir fırsat. Geliştirdiğimiz analiz yaklaşımını Django ile entegre ederek hem içerik, hem de şekil yönünden olgunlaşmış bir ürün ortaya çıkardık. İstatistiğin mantığını anlamak büyük bir önem arzediyor

Skype konuğumuz olan Yrd. Doç. Dr. Ömer Sinan Saraç da istatistiğin önemini çok güzel bir şekilde vurguladı. Düşüncelerinden ve yaklaşımlarından büyük dersler çıkardığım Sinan Hocamız Machine Learning (Makina Öğrenmesi) konusunda bizlerin iştahını açtı; bu konuda kendimizi geliştirmek için izlediğimiz yolu güncel yazılardan takip ediyorsunuzdur.

20 Ağustos

Herkese Merhaba

Yoğun geçen bir çarşamba günü daha buradayım. Aramıza yeni katılan arkadaşlarımız ve ayrılan arkadaşlarımızın olduğunu diğer arkadaşların yazılarından zaten biliyorsunuz. Son durumda Ahmet Raşit Hoca ile birlikte 9 kişilik bir ekip olduk. Bu son durumda kendimi orta kuşağa dahil ediyorum ve bu konuda oldukça şanslı olduğumu düşünüyorum. Böylece benden önceki ve benden sonraki grubun gözünden olaylara bakabilme fırsatına sahip oluyorum. Bu sayede iki grubun ne düşündüğünü kolayca anlayabiliyorum. Dün staja gelmemiştim ve bugünün planı oldukça güzel bir şekilde yapılmış. Her ne kadar ufak tefek aksaklıklar olsa da elimizden geldiğince programa bağlı bir şekilde ilerledik. Sanırım artık neler yaptığımıza geçebiliriz.

19 Ağustos

Merhaba,

Haziran grubu olarak Burak ile ben, Temmuz grubu olarak da Osman, Mustafa, Hande ve Ayşegül ile eğitimimize devam ederken Ağustos grubu aramıza katıldı. Mehmet Akif ve Hana'nın aramıza katılmasıyla üç farklı grup üç kuşak algısını oluşturdu. 

18.08.2014 - Yenilerin farklılığı...

Herkese yeni bir günden merhabalar,

Blog günümün değişmesiyle artık cumartesi değil pazartesi günlerinde stajımızın nasıl geçtiğini sizlere aktarmaya çalışacağım. Bu pazartesimizde Çağla ve Evrim’in staj sürelerinin sona ermesiyle, özlenecek arkadaş sayımız iyice artmış oldu. Her birinin yerleri çok ayrı ve her biri çok fazla özleniyor. İlk fırsatta tüm grubun bir yerde, bir şekilde, tekrar bir araya gelebilmesi umuduyla... (= Bu günümüzde aramıza katılan iki yeni arkadaşımız var. Sevgili Ağustos grubumuzun üyeleri Hana KAMER ve Mehmet Akif VERAL aramıza katıldıklarına memnun olduğumuz, tatlı ve güzel insanlar hoş geldiniz.

Bu Hafta

Merhaba arkadaşlar :)

Bu hafta, geçen haftalarda temel mantığını anladığımız Bayes İstatistiği'nin uygulamasını yapmaya koyulduk. Amacımız, yazdığımız yazıları training datası olarak kullanarak, yeni bir yazı yazdığımızda o yazının bize ait olma olasılığını hesaplayan bir Python programı yazmaktı. Buradan yola çıkarak aklımıza bir web uygulaması geliştirmek geldi. "Hangi Biyoinformatik Stajyerisiniz?"

14 Ağustos -

Herkese son yazımdan merhabalar,

Stajımı bu hafta tamamlıyor olmam nedeniyle ortak bloga da son yazımı yazmış oluyorum fakat kişisel bloguma her hafta yazmaya devam edeceğim, oradan takip edebilirsiniz yazılarımı. Buradaki ortamdan ayrılıyorum hissi bu yazımı yazarken çok zor durumda bıraktı beni. Nereden başlasam, nasıl anlatsam burada yaşadıklarımı, hissettiklerimi hiç bilmiyorum, zaten ne kadar yazarsam yaziyim hep eksik olucak. Çünkü bu staj anlatılamaz sadece yaşanabilir :)

15 Agustos - Web Sunucuları

Güne  bayes istatistiği programımızı djangoya uyarlama görevini tamamlamış olarak başladık.Bu görevi bitirdiğimiz anlarda, sabahın ilk ışıkları kendini yeni yeni gösteriyor, güneşin yeni bir güne, yine bir merhaba ile tüm dünyayı selamladığını, Kayseri'nin o saatlerdeki serin havasında hissedebiliyorduk.Birkaç saat dinlendikten sonra yeni bir derse başladık.Sizlere burada özet olarak anlatacağım dersimiz internette yaptığımız araştırmaların ve sorguların nasıl çalıştığı üzerine.

4 Ağustos Haftası

4 Ağustos haftasında neler yaptığımıza ilişkin yazımı hazırlarken bir taslak çıkardım önce, ve bunca şeyi hangi arada yaptığımıza şaşırdım açıkçası :) Sanırım bu yaz niye bu denli yorucu geçiyor, cevabı burada. Tabii ki bunda en büyük etken, uyumlu, istekli ve gayretli bir ekiple birlikte olmak. Zaten sevdiğimiz şeyleri böyle özel bir ekiple yapmak çok daha eğlenceli hale geliyor.

Haftaya Temmuz Grubu'nun Django ile tanışmasıyla başladık, böylece tüm ekip Tuna Projesi üzerinde çalışmaya hazır gelecek. Django'nun neye benzediğini önceki yazılardan takip etmişsinizdir. TED'de Stephen Wolfram'ın bir konuşmasını dinledik. Wolfram'ın "A New Kind of Science" adlı kitabıyla lisans 2. sınıfta tanışmıştım ve yaklaşımından çok etkilenmiştim. Bu yaklaşımı şöyle özetleyebiliriz: bir insana ait herhangi bir biyolojik durum aşırı şekilde karmaşık gelebilir, ancak eninde sonunda sınırlı sayıda genin veya biyolojik molekülün etkileşimiyle ortaya çıkmıştır. Bu etkileşimleri tanımlayamadığınız sürece sadece anlık durum odaklı bakış bence bizi pek de bir yere götürmüyor. Zaten bu nedenle kanser gibi kompleks hastalıklara çare bulamıyoruz, sanırım uzun süre de bulamayacağız. Çalışmalarımıza başladığımız ilk hafta da bunun üzerine konuşmuştuk ve mevcut bilimsel paradigmanın artık değişmesinin zamanı geldiğini düşündüğümü ifade etmiştim. Tam olarak nasıl ve nereye doğru değişmesi hakkında berrak bir fikrim yok henüz, ancak ortak akla inanıyorum, ve umarım çok da uzakta olmayan bir zaman diliminde bu değişim başlar ve etkili hale gelir. Dünyayı gerçekten anlamaya başlamak güzel olurdu :)

ÜTOPYA

Yine merhabalar,

Yazının başlığını koyarken abartıyor muyum diye birkaç kez düşündüm ama bu düşünmeler sonunda anladım ki abartmıyormuşum. Haziran'ın ikinci haftası başladığımız ve benim için geçen hafta son bulan, yaklaşık iki buçuk aylık staj döneminde olup bitenleri becerebildiğim kadar anlatmak istiyorum bugün.

13 Ağustos

Herkese Merhabalar,

Yine koşuşturma ile geçen günlerde, son haftanın odak noktası Bayes teoremi oldu. Diğer arkadaşlarımızın yazılarında da gördüğünüz üzere oldukça karışık olan Bayes teoremini Python ile birleştirmek bizleri oldukça zorladı.  Yapabilmek için önce Bayes teoremini süzgeçten geçirdik ve daha sonra bunu zor olsa da Python ile birleştirdik. Geçen hafta Elif’ in de gitmesi ile artık Çarşamba günü sadece ben yazmaya başlayacağım. Grubumuzun giderek küçülmesi aslında bizler için zor olsa bile arkadaşlarımızın en azından uzaktan yaptığımız çalışmalara dahil olabilecek olması oldukça güzel.

12 Ağustos

Merhaba,

Eğitimimizin bu son haftasında sanırım son blog yazımı gerçekleştirmiş olmanın garip hissiyle yazıma başlıyorum. Eğitime başlayalı 2 aydan uzun bir süre oldu. Bu 2 ay dolu dolu geçtiğini yazdıklarımızı takip edenler farkındadır diye düşünüyorum. Gelelim bugün neler yaptığımıza...

Yine her Salı olduğu gibi güne Skype görüşmesi ile başladık. Ömer Sinan Saraç ile gerçekleştirdiğimiz bağlantımızda kendisini tanıyarak zamanımızı doldurmaya başladık. Lisans eğitimi Bilgasayar Mühendisliği olan Sinan Bey, yüksek lisansta robotik üzerine çalışırken asıl isteğinin bilişsel [cognitive] bilim olması üzerine bir de biyolojiyi sevdiğinden dolayı doktorada biyoinformatik alanını tercih ediyor. Biyoinformatik anlatırken konuya hakim oluşu ve heyecanınından dolayı yaptığı tercihten ne kadar keyif aldığını görebiliyoruz. Şuan İTÜ' de hoca olan Sinan Bey' in yüksek lisans programı için biyoinformatik dersi vereceğini de belirtmeden geçmeyeyim.

12 Ağustos

Herkese merhaba,

Geçen haftadan itibaren Bayes teoremi ile uğraştığımızı fark etmişsinizdir. Bu istatistik yöntemini kullanarak sosyal medyada karşılaşabileceğiniz cinsten bir test oluşturmaya çalışıyoruz. Bu testimizde ortak blog yazılarımızla oluşturduğumuz verilerden yola çıkarak, yeni bir yazı girdiğinizde bunun ekibimizden hangisinin yazısına benzediğini bulmaya çalışıyoruz. Bugün de yine bu testimizi oluşturacak kod üzerinde çalıştık. Starbucks'a gidip yine en büyük masayı kaptık ve büyük oranda bitmiş olan kodumuzdaki fonksiyonların, parametrelerin adını ilk kez bakan bir kişinin de kolayca anlayabileceği şekilde değiştirmeye başladık. Açıkçası kodu yazmak kadar zor oldu bu aşama. Çünkü bir parametreyle kodun farklı yerlerinde tekrar tekrar karşılaşabiliyorsunuz ve ismini değiştirdiğiniz parametreleri bir süre sonra takip etmek zorlaşıyor. Bu aşamayı da atlattıktan sonra geriye testimizi bir web sayfasında işler hale getirmek kaldı. Onu da yaptık mı bu ödevimizi tamamlamış olacağız.

Bayes İstatistiği İle Kod Yazımı

Merhabalar...

Yapılması gerekenlerin listesi ve kaygısıyla bugünü erken saatlerde başlattık.

09.08.2014 -VİRÜS

Herkese merhabalar

Bayram tatilimizin dönüşündeki ilk hafta sonumuzdan sizlere aktaracaklarımın başında biyoinformatik stajyerlerinin mesai dışında bile çok çalışıyor olması geliyor. Malum Türkiye şartlarında 5 dakikalık bile olsa fazla süre çalışmak standart devlet memurları için oldukça zor bir şey. Bizi yetiştirenlerin kanındaki o ‘çalışma aşkı’ virüsü bizlere de artık bulaşmış durumda. Belki de bir çocuğun ilk olarak onu büyüten yetiştiren kişilere benzemesi, onları örnek alması gibi diyebilirim.

8 Agustos - Bayes Evreni

İstatistik dersi grip aşısından daha sevimli değildir

 ama en az onun kadar yaralıdır.

Paul NEWBOLD    

    Bugün istatistik üzerine bol beyin fırtınası yaptığımız, buna ek olarak yeni bir probleme çözüm üretmeye çalıştığımız bir günü daha geride bıraktık.Güne öncelikle bu blogumuzda yayınlanan yazıları kaynak alarak, istatiksel  bir yöntem kullanıp, bu blogumuzdaki herhangi bir yazının, blog yazarlarımızdan kime ait olduğunu tahmin edecek bir sistem üretme girişimiyle başladık.

7 Ağustos

Herkese merhabalar,

7 Ağustos gününe Elif arkadaşımızın Unix felsefesi sunumu ile başladık ve ardından temmuz grubu olarak Tuna projesine dahil olma heyecanını yaşadık. Bu güne; verileri görselleştirme ödevlerimiz hakkında konuşarak, ODTÜ Enformatik Enstitüsü Başkanı Yeşim Aydın Son ile skype görüşmesi yaparak ve "Survior" videosu çekimi ile devam ettik. Kapanışı da yine Elif'in bir sunumu olan "Uzun Kuyruk Kavramı" ile yaptık. Şimdi detaylar :)

6 Ağustos

Yeniden merhabalar,

Gitmeden önceki son günlerimde nasılsa iki gün sonra uyurum demenin şuanki uykusuzluğu var :) O kadar çok şey yaptık ki bugün yine, hiçbir şey arada kaynamasın diye blogda anlatacaklarımızı paylaşmaya karar verdik Osman'la : BAYES çalışmamız, yeni ve en birlikte Starbucks maceramız, peşine düştüğümüz küçük bir hesaplama ve doğum günü kutlamalarımız bende :)

6 Ağustos

Uzun bir aradan sonra herkese merhaba,

Bir haftalık aradan sonra çok hızlı bir şekilde giriş yaptığımız hafta bizler için çok yorucu geçiyor diyebilirim. Saat şuan 02.30 ve ben eve yeni geldim ve yazımı yazmaya başladım. Artık günler yetmiyor diyebilirim. Bu cümleyi daha önceleri başkalarından duyduğumda benim için bir anlam ifade etmiyordu ama şuan anlıyorum ki bu gerçekten de oluyormuş. Bundan sonrasında beni bekleyen ve yarına yetiştirilmesi gereken bir görüntüleme işlemi var. Diğer arkadaşlarımın yazılarında da okumuşsunuzdur temmuz grubu için bu ara birde Django sorunu başladı.  Bu hafta zamanımızın büyük bir kısmını diğer programlama mantıklarından biraz daha farklı bir mantığa sahip olan Django'ya ayıracağız. Bakalım bu işlerin içinden anlımızın akıyla çıkabilecek miyiz?

5 Ağustos

Merhaba,

Bayram tatilinden sonra yeniden GenKök'te buluştuk, kaldığımız yerden hızlı bir şekilde çalışmaya başladık. Haziran grubu biraz kendi kişisel projelerine biraz da ortak projeleri üzerine çalışırken Temmuz grubu ise Django ile tanıştı. Django ile çalışırken onlar da bizim gibi aynı kitap üzerinden uygulamaya başladılar. Tabi bu sefer daha şanslıydılar, biz Django'nun neredeyse tüm sürümlerini deneyerek ve bir sürü Django kitabını deneyerek uygulamamıza rağmen Temmuz grubu bizim deneyimlerimizle doğru kitaptan uygulamaya hızlı bir şekilde başladılar. Umarım bu fırsatı avantaja çevirip bir an önce bize yetişirler. Bir de Django için Temmuz grubu kendi bilgisayarlarına Ubuntu işletim sistemini yüklediler. 

5 Ağustos

Yeniden merhabalar,

Stajımıza kaldığımız yerden tüm hızıyla devam ediyoruz. Dün Temmuz grubu olarak Django'yu öğrenmeye başladık. Bu çabamız elbette ki bugün de sürdü. Django öğrenmenin ne kadar sıkıntılı bir süreç olduğunu Haziran grubundaki arkadaşlarımızın yazılarından takip etmişsinizdir belki. Biz de yaşadıkları problemlere bizzat şahit olmuş ve Django öğreneceğimiz günün gelmesini biraz tedirginlikle bekler olmuştuk. İşte o gün geldi çattı ve benzer problemleri, Haziran grubu kadar olmasa da, biz de yaşamaktayız. Django'yu uygulayarak öğreten bir kitabı harfiyen takip etmemiz bile en sonunda hatalı sonuç almamıza engel olmayabiliyor. Bu durumda kitaba baştan başlayıp kodları tekrar yazıyor ve sonucunda birkaç hatamızı görüp düzeltebilir hale geliyoruz. Böyle geçen iki günün ardından başlık ve içine bir şeyler yazabileceğimiz kutucuğun bulunduğu bir sayfa oluşturmayı başarabildik. Fakat Django ile maceralarımız devam edecek.

Merhaba Django

Merhabalar...

Heyecan ve mutlulukla gözlerimizi açtık. Bayram tatilimiz bitti. Biyoinformatik yaz staj grubu küçük bir aradan sonra tekrar bir araya geldi. Aramızdan ayrılan bazı arkadaşlarımız oldu. Yoklukları çok belliydi. "Emre, Fatma, Cansu ve Ceyhun"  aramızda olmasanız da burada çok güzel anılarla anılıyorsunuz emin olun. :)

27.07.2014 - Buralara bayram havası esti...

Yine yeni yeniden hepinize merhabalar...

Biz biyoinformatik stajyerlerini evlerine dağıtan bayram tatilinin içindeyiz. Herkes ailelerinin yanında ve oldukça iyi vakit geçiriyor. Hepimizin tek şikâyeti ise tatilimizi yaparken, bu stajdan uzak kalıyor olmamız. Bir günümüz ayrı geçti ama tüm gün mesajlaşmalarımız devam etti. İkinci ailemizin her bireyi diğer bireylerini şimdiden çok fazla özledi. Tatilin biran önce bitmesini, bittiğinde ise tekrar bizleri bekleyen o tatlı sunumlarımıza, bilgi dolu derslerimize, hayat tecrübesi kokan skype görüşmelerimize, en lezzetli soslardan yapılmış programlama derslerimize, beraberliğin güzelliğiyle anlam kazanan filmlerimize ve oyunlarımıza bir an önce kavuşmayı çok istiyoruz. (=

21 Temmuz Haftası

Zaman çok çabuk geçiyor. Çalışmalarımızın 7. haftasını bitirmişiz, ancak sanki daha dün başlamış gibiyim. Üstelik çalışmalarımız boyunca geçirdiğimiz her bir gün aslında sıradan üç güne bedel. Yüksek motivasyonla saatler boyunca durmadan çalışıyoruz. Hatta bu durumun başlarda biraz yadırgandığını bile söyleyebilirim. Bir devlet kurumunda insanların neden sabaha karşı 4'e kadar çalıştığı eminim birçok kişinin kafasında soru işaretiydi, ancak artık insanlar gerçekten de bu işi sevdiğimizi biliyorlar. Temmuz Grubu'nun da aramıza katılmasıyla neredeyse 24 saat boyunca bizden birileri bulunuyor binada, motivasyonumuzun ne düzeyde olduğunu varın siz düşünün. Bu ne bir kuralla, ne de bir zorlamayla oluşturulabilecek bir çalışma düzeni değil; ekibimizin çalışmaya ve öğrenmeye ne kadar hevesli olduğunun bir göstergesi.

Çalışma ortamının sağlıklı olması da bu düzenin devam edebilmesi için en temel faktörlerden birisi, ve bunun için GenKök'e olan şükranlarımızı ne kadar ifade etsek az. Üniversite Rektörümüzün vizyonuyla şekillendirilen ve Ankara'nın doğusunda görmeye pek alışık olmadığımız ancak gelişmiş araştırma merkezlerindeki altyapıları aratmayan bir tarzda ortaya çıkarılmış bu bina ve kültürden övgüyle bahsetmek gerek. Merkez yöneticilerimizin tamamı ve çalışanların bir kısmının gayretleriyle hayata geçirilen bu eseri bir fırsatını bulursanız mutlaka görmenizi isterim. Çalışanların bir kısmı dedim, çünkü az sayıda da olsa diğer bir kısmı klasik devlet memuru kafasıyla mümkün olduğunca işten kaçıyor ve en fazla 15 dakikada tamamlanacak işler için 3 gün sonrasına randevu veriyor. Bu durumdan oldukça muzdaribim ancak yapılan onca güzel işi gölgelemesin diye daha fazla bahsetmek istemiyorum.

24 Temmuz

Herkese merhaba,

Bugün temamız ayrılık ve tatil psikolojisine geçiş. Ekibimizden Haziran grubu yavaş yavaş ayrılıyor. Birlikte yoğun 3 hafta geçirince ayrılmak daha da zor oldu. Bugün Cansu ve Emre'yi uğurladık. 3 tane bozulmuş 1000 parçalık puzzle bitmeden bırakmadık tabi ki:) Başladığı işi bitirmeden bırakmayan biyoinformatik ekibi olarak puzzle tamamlama heyecanıyla sabahladık. Puzzle bahane ekip olmak şahane :) 

24 Temmuz- "Ne Stajdı Ama!"

Herkese Merhaba,

Bugün stajı bitmiş biri olarak yazıyorum. Tüm staj boyunca ne yaptığımız, neler kazandığım hakkında bir şeyler paylaşmayı düşünüyorum sizlerle. Keyifli okumalar :).

Hayatımın en güzel, keyifli, farklı ve öğretici staj programıydı. Ahmet Hocamız sağolsun çok düşünmüş ve çok iyi bir program hazırlamış bizim için. Her birimizle çok özel olarak ilgilendi ve çok büyük emek sarfetti. Bize bu fırsatı sağladığı için kendisine ne kadar teşekkür etsem yetersiz kalacağını biliyorum. Türkiye şartlarında kendisi türünün tek örneği diyebilirim :). Kendisinden eğitim almaktan hem de tanımaktan çok memnun oldum. Bizim için hocadan da öte hem bir abi hem de arkadaş oldu. 

14 Temmuz Haftası

İnsan en iyi yaparak öğrenir derler, bu nedenle çalışmalarımızın odağı "yapmak". 14 Temmuz haftasının da bence en önemli dersini takım oyunumuzla içselleştirdik. Detaylarını bloglarda okumuşsunuzdur, amacımız takım çalışmasında dikkat edilmesi gereken kuralların ne olduğu ve bu kurallara aykırı hareket edildiğinde ortak bir amaca ulaşmanın ne denli zor olduğuydu. Özellikle son oyunumuzda, tek bir merkezden idare edilen süreçlerde bu merkezin kararlarını yetersiz bulan ikinci bir karar mekanizmasının devreye girmesi sonucunda yine de ortak hedefe ulaşılamadığını görmüş olduk. Tabii ki bu sadece bir oyundu, ancak sanırım herkes hissesine düşen dersi aldı.

23 Temmuz

Yeniden merhaba,

Ayrılık rüzgarlarının estiği bu haftamızda hepimiz biraz yorgunuz, muhtemelen bayram tatilinin psikolojik etkisi. Bu günümüz yaptığımız ayrı ayrı çalışmalar ve gidişlerle geçti.

Bugün yine öğlen başladık çalışmaya. Herkes kendi işine bakıyordu: Bihter ve ben bir süredir uğraştığımız işlere devam ettik, Cansu kendi proje çalışmalarına, Emre puzzle'a, Temmuz grubu kod yazmaya ve Ahmet Hoca da hepimize :) Akşam yemeğindeki pizza partimize kadar böyleydik ki o zamana kadar herkes epeyce ilerlemişti. Pizzadan sonra ise veda zamanları vardı: Haziran grubu iki üyesini daha temelli uğurladı. Ben bugün ayrılıklarımızdan bahsetmek istiyorum.

23.07.2014

Burada neler yaptığımızı merak eden herkese yeniden merhaba,

Yine her çarşamba olduğu gibi yazma sırası bende. Günler oldukça yoğun ve hızlı geçiyor hatta yetmiyor bile diyebilirim. Çok yoğun geçen son iki günden sonra oldukça yorulduk. Yeni şeyler öğrendikçe kafamız karışmaya başlıyor diyebilirim. Özellikle "D3" ve "Bayseian istatistiği" kafamı yeterince karıştıran konular oldu. Ama zor diye pes etmek yok daha uzun bir yolun başındayız. Skype konuşmaları da bizim için oldukça faydalı geçiyor ve her konuşmada kendimize önemli dersler çıkarıyoruz. Kısacası burada günler yorucu, öğretici ve eğlenceli geçiyor.

21.07.2014 - Ekip Ruhu

Merhabalar....

Yeni bir günün ışığını yüzümde hissederek uyandım. Uykusuz, yorgun gecelerin ardından enerjimi toplamaya çalışarak güne başladım. Uykusuzluk gözlerimi açmamı zorluyordu. Uykulu bir halde Gen Kök'e geldim. Gözlerim birden açıldı. O da ne? Puzzle'larımız bozulmuş, koyduğumuz yerden yanlışlıkla düşmüş ve dağılmışlardı. Grup olarak baya üzüldük ama tekrar yapmak için uğraşmaya başladık.

22 Temmuz

Yine yoğun geçen bir salı gününün ardından herkese merhaba,

Gelecek hafta bayram nedeniyle stajımıza kısa bir ara vereceğimiz için günlerimizi en verimli şekilde geçirmeye çalışıyoruz şu sıralar. Bugün yaptıklarımızı olabildiğince kısa anlatmaya çalışacak olsam da şimdiden uzun bir yazı olabileceği konusunda sizi uyarayım.

Normalde farklı günlerde yaptığımız iki Skype görüşmemizi bu hafta için bir güne sığdırdık. İlk görüşmemizi Bilkent Üniversitesi'nde doçent olarak görev yapmakta olan Michelle Adams ile gerçekleştirdik. İngilizce olarak gerçekleşen konuşmada yabancı bir hocanın gözünden Türkiye'deki koşullarla yurt dışındaki koşulların lisans, yüksek lisans ve doktoradaki farklılıklarını dinlemiş olduk. Bunun yanında Michelle Adams aramızdan yurt dışında çalışmayı isteyenler için de birkaç tavsiyede bulundu. Yurt dışı eğitimlerini gözümüzde büyütmeyip ne olursa olsun her zaman başvurmak ve bir problem olduğunda kendimizi çıkmazda hissetmeyip problemle başa çıkmaya çalışmak bu tavsiyelerden bazılarıydı.

21 Temmuz Pazartesi - Planlar ve D3js

                                               "Siz planlar yaparken, Tanrı da size yukarıdan kahkahalar atar."

Bu sıralar yukarıdaki sözün doğruluğunu kendini sürekli gösteriyor. Mesela pazartesi günü yazmam gereken bu yazıyı, salıyı çarşambaya bağlayan gece bilgisayarımın başına anca oturup akrep 3ün üstüne geldiğinde yazabildim. Yoğun bir pazartesi günü geçirdim. Derin bir nefes alıp neler yaptığımızı anlatmaya haydi başlayalım.  

22 Temmuz

Merhaba;

İnsanoğlu her alanda farklı görüşlerde de olsa genel bir düşünce kıyaslandığında genellikle iki gruba ayrılır. Bu ifadeyi biraz daha açıklayacak olursam, bugün izlediğimiz Maymunlar Cehennemi: Başlangıç filminin sonunda film eleştirisi üzerine gerçekleştirilen ve aslında bir zamandan sonra herkesin kendi dünya görüşünü satır aralarına sıkıştırdığı bir konuşma yaşandı.

• Gen terapisi her zaman insanlığın yararı üzerine mi yapılıyordu? 
• Bir şeyin etik olması için iyi niyetin tek taraflı olması yeterli miydi? Örneğin, insanın doğası gereği var olan davranışlarını sürdürmesi bir diğer canlıyı etkiliyorsa iyi niyetten bahsedebilir miydik? 
• Bilim yapma endişesinden çok ticari kaynak sağlama politikasına yöneldikçe doğru yolda olduğumuzdan söz edebilir miydik? 
• Çoğunluğun kurtarılması amacıyla azınlığın denek olarak kullanılmasıyla geliştirilen ilaçların kullanımı adil miydi? 
• Ya da deneklerin ilaç tasarımı sırasında yan etkilerden dolayı kaybedildiğini bile bile o ilaç kullanılır mıydı? Kullanırım veya kullanmam demek arasında ne kadar da ince bir çizgi vardı aslına bakılırsa.. 
• Denek olarak hayvanların kullanılmasında insanlar olarak ne tür bir hakka sahiptik? Hayvanlara söz hakkı verilme gibi bir imkan olsaydı acaba neyi tercih ederlerdi? 

21 Temmuz

Bütün okuyucularımıza merhabalar;

Bu hafta benim için stajın son haftası olduğu için diğer haftalardan çok farklı ve hüzün dolu bir hafta olacak ve hatta olmaya başladı bile. Birlikte çalışmaktan ve vakit geçirmekten çok zevk aldığım staj arkadaşlarımdan ayrılmak gerçekten zor geliyor. Asıl zor olanı da Ahmet Hocamızın her söylediği, her yapmamızı istediği ve her anlattığı şey ile hayatımıza kattığı şeylerden uzak kalacak olmak. Gidiyorum ama aklım hep burada kalacak.

Adeta her şey beni gitmekten vazgeçirmek için planlanmış bir düzenmişcesine bugün hep beraber harika bir gün geçirdik. Ben de bu yazımda sizlere bugün geçirdiğimiz bu harika günde neler yaptığımızdan bahsedeceğim.

19 Temmuz 2014 - Hafta sonumuz...

Herkese merhabalar.

Günden güne daha iyiye giden gelişmelerin sonuçları olumlu oldukça, staj öncesinde ayrı ayrı olan biz stajyerler için aile ruhu kadar güzel olan, grup ruhumuz adeta tamamlanmamıza yol açıyor. Bu ruhun oluşması için bütün emeğini ortaya koyan Ahmet hocamıza ise çok teşekkür ediyorum. Stajımızın ikinci hafta sonunda uyanır uyanmaz koşarak geldiğimiz Genkök’te bir arada olmak, gerçekten de bizim için iç açıcı bir güzellik.

18 Temmuz Cuma

Merhaba arkadaşlar :)

Bugün stajımızda Ensembl Genome Browser üzerinde durduk. Bu web aracı, bize birçok organizmaya ait genom verilerine ulaşmamızı sağlıyor. En güzel tarafı, bizim ihtiyacımız olan verileri bize sunması. Fasta formatını istediğimiz verilerle yaratabilmemiz bizim işimizi çok kolaylaştıran bir yanı.

7 Temmuz Haftası

Geçen hafta tamamlanması gereken bu yazıyı ancak gönderebiliyorum, bu sıralar uyumaya dahi fırsat bulamadığım bir yoğunluğun içerisindeyim.

7 Temmuz, ekibimizin sayıca iki katına çıktığı gün, ve bu günü birkaç haftadır merakla bekliyordum. Sosyal psikolojiyi çok severim ve fırsat buldukça da okumaya çalışırım, bu alandaki ilgimi çeken en önemli konu ise grup davranışları. Teorik olarak, iki grubun karşılaşması durumunda ortaya çıkabilecek sorunlar, çözüm yolları, muhtemel yol haritaları vb. üzerine çok bilgim var, ve geçen hafta bu bilgiyi pratiğe dönüştürme imkanı buldum.

18 Temmuz Cuma - Veri Kaynaklarımız

                                                                                                  Devler gibi eserler bırakmak için , karıncalar gibi çalışmak lazım.

Necip Fazıl KISAKÜREK 

       Merhabalar ,  blogumuzdaki yazıları  acaba yarın ne olacak , ne yazılacak merakıyla takip eden tüm okuyucularımıza , takipçilerimize .

      Bugün güne elimizdeki verilerde incelemeler , hesaplamalar yaptığımız programlama dili olan  pythonda programlar yazarak başladık.Kullandığımız verileri hangi kaynaklardan elde ettiğimizi bugün ayrıntılı bir şekilde inceledik.Örneğin ensembl genom browser sitesinden  birçok canlı türüne ait gen dizilimlerine(genomlara ait bilgiler) ve farklı tür genomlara ait istatistiksel sonuçlara ulaşabilirsiz.

17 Temmuz- Bu İş Bu Kadar!

Herkese Merhabalar,

Size en son Django diye bir şeyin varlığından ve öğrenmenin ne kadar işkence olduğundan bahsetmiştim. Çok şükür Ahmet Hocamız bizi bu dertten de kurtardı. Farkındaysanız kendileri önce başımıza iş açıyor sonra yine kendisi çözüyor :) Çok uzun uğraşlarımıza rağmen Django' nun içinden çıkamayınca akıl sağlığımızın devamlılığını korumak için sağolsun yardımcı oldular. 1 saat gibi kısa bir sürede geceli gündüzlü üç gün uğraştuğımız Django ' yu alt etmeyi başardık. Aslında çok eğlenceli ve harika birşeymiş meğerse şu bizim Django. Ama gelin görün ki piyasada bu programı kullanmayı öğretecek adamakıllı bir kaynak bulunmadığı için öğrenirken epey zorlandık. Neredeyse Django 'nun kullanmadığımız sürümü okumadığımız kitabı kalmadı :). İstediğimiz sonucu aldığımızda gözlerimizdeki pırıltıyı görmeliydiniz. Hakikaten  o an bizim için muhteşem bir andı :). 

17 Temmuz

Merhabalar sevgili takipçilerimiz :)

Burada zaman çok hızlı akıyor, bir hafta ne kadar da çabuk geçti gerçekten. Temmuz grubu olarak hızlı ilerlediğimiz de söyleniyor zamanla yarışıyoruz sanırım :) Python'da fonksiyon yazmada epey pratik yaptık ve bir sonraki alıştırmalarımızı heyecanla bekliyorum. Bana kalsa ben bir an önce python da istediğim kodu yazmayı bilmek istiyorum, tabi bir anda o aşamaya gelinmiyor ama bu konuda çok sabırsızım. Haziran grubunun çalışmalarından duyduğum kadarıyla daha sırada Django ve D3 var.

Bugün Burak arkadaşımızın öncülüğünde microarray analizi adımlarını öğrendik. Bunun için öncelikle NCBI-GEO'da tanımlanmış gen setini kullandık ardından da Web-Gestalt'da sonuçların değerlendirmesini yaptık. Microarray çalışmamız sonrasında temmuz grubu olarak "puzzle"ımızı tamamladık.

Her akşam olduğu gibi iftar yemeğimizle günümüzü kapattık. Yemek sonrası da voleybol oynayarak çalışmalarımıza biraz ara vermiş olduk.

Haftaya yeni çalışma ve etkinliklerimizde görüşmek üzere,

Sevgiler.

16 Temmuz

Bir çarşamba daha merhaba,

Kendi adıma staj sürecimizin en yorgun ve uykusuz günlerini yaşıyorum Django yüzünden ama iki gündür Django'da kat ettiğimiz yol gösteriyor ki, onu alt ettik :)

16 Temmuz

Burada neler yaptığımızı merak eden herkese merhaba,

Yoğun ve hızlı geçen günlerin ardından yine yazma sırası bana geldi. Oldukça yorucu fakat bir o kadar da eğitici bir hafta geçirdik. Günlerin nasıl geçtiğini zaten diğer arkadaşlarımın yazılarından biliyorsunuzdur. Dün yaşadığım büyük süprizden dolayı bütün ekip arkadaşlarıma ve Ahmet Raşit Hocama teşekkür ediyorum. Yine yoğun bir gün geçirdik ve gece yarısı hala burada çalışıyoruz. Şuan herkesin çok yorgun olduğunu görebiliyorum fakat durmak var mı? Hayır tabi ki yok =).

15 Temmuz

Merhaba,

Temmuz grubunun gözünden Evrim'in de yazdığı gibi ben de bugün deneyimlediklerimizi Haziran grubunun gözünden aktaracağım. Dışarıdan bir gözle bakıldığında kimi zaman yaşanılanlar aynı gibi gözükse de algıdan algıya değişeceği gibi grubun gözünde de bir çok şey daha farklı anlamlanıyor. Bu farklı algının en önemli nedeninin geçirilen zamanın diğer gruba göre fazlalığının üzerimizdeki etkisi olduğunu düşünüyorum.

15 Temmuz

Stajımızı takip eden herkese merhaba,

Temmuz grubu olarak stajdaki ikinci haftamıza girmiş bulunmaktayız. Bu haftanın ikinci gününe

Gen-Kök Merkezi'nin müdür yardımcısı Servet Hoca ve çalışanlarıyla öğle yemeği yiyerek başladık. Ardından bir gün önce belirlenen konularımızı, sunum tekniklerimizi biraz daha geliştirerek sunmaya çalıştık. Sunumlarımız da bitince günün geri kalanı ve ertesi gün için yapılacakların planını oluşturduk. 

14 Temmuz

Bu stajda neler yapılıyor diye merak eden herkese merhabalar,

Dolu dolu çalıştığımız 26 gün geride kaldı ve bugün 27. günümüze girmiş bulunuyoruz. Ben ise sizlere 26. günümüz olan 14 Temmuz Pazartesi neler yaptığımızdan bahsedeceğim bu yazımda. Ama öncesinde de kısaca hafta sonunu özet geçmeyi planlıyorum.

14 Temmuz 2014- Print or Return Python'lu Günler

Merhabalar, ben Fatma. Bu yaz Genkök'te gerçekleşen Biyoinformatik stajının katılımcılarından biriyim. İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik mezunuyum, yoluma Selçuk Üniversitesi Ziraat Fakültesi'nde devam etmekteyim. Yaz Stajı ortak blogumuz dışında bilimhatunu.wordpress.com'da da farklı konularda yazmaktayım. 

Yaklaşık bir haftadır burada yoğun bir tempo eşliğinde gecemizi gündüzümüze katıp çalışıyoruz. Bu blogu takip edenler ekibin öğrenmek adına yüksek motivasyona sahip olduğunu ve zaman zaman staj yerimizde sabahladıklarını okumuş olmalılar. Ben de ilk geldiğim gün burada ertesi gün yapacağım sunum için sabahlamıştım, benim için oldukça iyi bir giriş oldu.

13.07.2014 - Harika Bir Gün

 Harika Bir Gün

 Verimli, yoğun ve yorucu bir haftanın sonuna gelmiştik, peki en güzel şekilde nasıl eğlenebilirdik? Bunun cevabı belliydi aslında Harikalar Diyarına gitmek için saatlerimiz ayarlandı ve buluşma yerimiz Starbucks' da grubumuz toplandı. Bazı arkadaşlarımız yokluğu ekibi eksik bıraksa da, gitmek için hazır olan grup üyelerimiz “Ayşegül, Emre, Fatma, Evrim, Çağla ve Çağlanın arkadaşı Burak” şimdilik toplanmış gibi gözüküyordu.

12 Temmuz 2014 - Renkli Günler Stajı :)

Herkese Merhabalar,

Biyoinformatik yaz stajımızın rengârenk günlerine hoş geldik...

Başlangıcından bitişine çok yoğun, bilgi dolu, farklı, heyecanlı, bazen hüzünlü ama oldukça güzel günlere sahip ilk haftamız bitiyor. Geçen her günün ardından ise kalan tüm günlerde kullanılacak birikimlerimizin sahibi oluyoruz. Yeni bir deneyim olmasının verdiği tüm tedirginliklerin yavaş yavaş yok olmasını sağlayan Ahmet hocama, ismiyle gülümsemelere neden olan sevgili 'Haziran' grubunun ve tabi ki benimde dahil olduğum 'Temmuz' grubunun üyelerine ayrı ayrı teşekkürü bir borç bilirim.;) 

11 Temmuz - Farklı Bir Dünya

                                                                           

          Zorluklar, başarının değerini artıran süslerdir.  

Moliere       

Merhaba, 

"Biyoinformatik Yaz Stajı" programına katılan ekibin yeni bir üyesi olarak blogumuzu takip eden herkese selamlar. Ben burada, cuma günleri staj programımızda neler yaptığımızdan, stajdaki edindiğimiz kazanımlardan ve staj hakkındaki düşüncelerimden bahsedeceğim.

11 Temmuz

Merhaba arkadaşlar,

Bu hafta Temmuz Grubundaki arkadaşlarımız ile ilk haftamızı bitirdik. Yeni gelen arkadaşlarımız çok hızlı bir şekilde staja adapte oldular ve motivasyonları çok yüksek. Bugün elimden geldiğince yeni arkadaşlara Python anlatmaya çalıştım. Herkes öğrenmeye çok açık ve uzun süreler problemlerle uğraşabiliyorlar. Bizleri hızlı bir şekilde yakalayıp projelerimize çabucak dahil olabileceklerini görebiliyorum.

Neler kazandım..

Merhaba arkadaşlar,

Bu hafta hem mutlu hem hüzünlü bir haftayı bir araya sıkıştırarak diğerlerine kıyasla daha duygu dolu bir hafta geçirdik. Uzun bir zamandır ne kendi blog sayfamda ne de ortak blog sayfamızda paylaşımlar yapamıyordum. Kişisel sebeplerimden dolayı bu hafta perşembe günü ekip arkadaşlarımdan ayrılmak zorunda kalarak Bolu'ya dönmem gerekti. Bugüne kadar kendi açımdan ve ekibin bir üyesi olarak neler kazandığımı sizinle paylaşmayı sağolsun Ahmet Hocamızda uygun gördüğü için ortak blog da yazma kararı aldım, umarım size de bir faydası dokunur :)

10 Temmuz - Biyoinformatiğe Genel Bakış

Merhabalar,

Biyoinformatik 2014 yaz stajına, 7 temmuz pazartesi başladım ve hızlıca adapte olmaya çalışıyorum. Staj hakkındaki duygu ve düşüncelerime, geniş anlamda kişisel blogumda  yer vermeyi planlıyorum. Perşembe günleri de edindiğim bilgileri buradan sizlerle paylaşıyor olacağım.

10 Temmuz - Gitmelere de Eyvallah

Yeniden Herkese Merhaba,

Temmuz grubunun da aramıza katılmasıyla ekibimiz daha da kalabalıklaştı. Onlarla da çok çabuk kaynaştık ve daha iyisi için daha büyük bir ekip haline geldik. Çalışma ortamımızı sığabilmek için epey bir değiştirmemiz gerekti. Onların bazı konularda bizden daha şanslı olduklarını düşünmüyor değilim. En azından biz de aynı yoldan geçtiğimiz için onların nerelerde zorlanabileceklerini ve nasıl açıklanırsa anlayacaklarını kestirebiliyoruz.  Diğer ekip arkadaşların yazılarından “Temmuz Grubu” grubu hakkkında yeterince fikir sahibi olduğunuzu varsayıyorum :) Ben bugün size gelenlerden değil de gidenlerden bahsedeceğim aslında. Hiç sevmesemde biraz duygusala bağlamayı düşünüyorum biyoinformatik namına çok bir şey beklememenizi öneririm :)

9 Temmuz

Merhabalar,

İkinci ayımıza başladığımız bu hafta, hepimiz için daha farklı geçiyor. Bildiğiniz gibi Temmuz grubu da haftanın başında aramıza katıldı. Birbirimize alışmaya başladık bile bence. Ekip kalabalık olunca beraber hareket etmek ister istemez daha zor olsa da üstesinden gelemeyeceğimiz bir şey yok tabii ki :).

09 Temmuz 2014

Bizi takip eden herkese merhaba. Bugün temmuz grubu için stajın 3. günü haziran grubu için ise 23. gün olmuş bile. Bu gün neler yaptığımızı anlatmadan önce staj ortamından bahsetmek istiyorum.

Bugün haziran ve temmuz grupları olmak üzere toplamda 12 kişilik bir toplulukla geçirdiğim 3. gün bitti. Ve şimdiye kadar gördüğüm en güzel staj grubu olduğunu söyleyebilirim. Haziran grubu geçirdikleri 1 aylık süreç içinde çok iyi çalışma ile olağanüstü bir bilgi  birikimine sahip durumda  ve bunu sürekli bizimle paylaşıyorlar ve önümüzde bu süreci çok daha yeni atlatmış bir grup oldukları için sıkıntılarımızı da çok iyi anlayabiliyorlar. Ahmet Raşit Hocamızın  bu gruplar arasında oluşturduğu denge sayesinde, saygı çerçevesi içerisinde oldukça eğlenceli zaman geçiriyoruz diyebilirim. Önümüzdeki günlerde bizi daha güzel günlerin beklediğini düşünüyorum.

8 Temmuz

Merhaba;
 

Eğitimimize başladıktan sonra geçen bir ay sürecinde az olmamızın ve beklentilerin ortak olmasının verdiği avantajla günlerimizi oldukça verimli geçirerek kendimizi Temmuz grubunun eğitimi için hazırladık. Bu süreç genellikle çok keyifli kimi zamanda sancılı geçti. Şimdi ise dün de Emre' nin bahsettiği gibi yeni arkadaşlar aramıza katıldı.

7 Temmuz

Merhabalar Arkadaşlar,

Bugün stajda ki 2. ayımıza girmiş bulunmaktayız. Hiç farkında olmadan çok güzel şeyler öğrenerek ve birbirimizle harika ilişkiler kurarak dört hafta geçirdik. Beşinci haftamız olan bu hafta ise diğer haftalardan daha farklı bir haftaya girmiş bulunmaktayız çünkü artık altı kişiden oluşan staj ekibimiz kalabalıklaştı ve yedi yeni arkadaşımızın da aramıza katılması ile artık 13 kişiyiz. Bu durumun etkisiyle de daha farklı bir sürecin içine girmiş olduk ve bu sürecin nasıl ilerleyeceği bizler için büyük bir merak konusu. Bugün gelen yeni arkadaşlarımızın heyecanlarını, meraklarını ve endişelerini görünce bir an için kendi ilk günümü ve geçen bir ayda farkında olmadan nasıl bu kadar ilerleyebildiğimizi düşündüm. Bunları düşünürken de kendimi gerçekten çok şanslı hissettim çünkü çok güzel bir ay geçirdik ve bugün ile başlayan ikinci ayımızın da aynı şekilde ilerlemesi en büyük temennimiz. 

30 Haziran Haftası

Çalışmalarımızın 4. haftasını da geride bıraktık, ve zaman su gibi akıp geçiyor. Ancak katettiğimiz yola baktığımızda olağanüstü bir performans sergilendiğine şahit oluyorum. Bu hafta yeni bir kavramla daha tanıştırdığım ekibimi sürekli zorladığımı hissediyorum, ancak onlar da bundan gayet keyif alıyor görünüyorlar :) Kendi bakış açımla bu hafta neler yaptığımızdan bahsetmek istiyorum.

5 Temmuz

Merhaba arkadaşlar,

Bu hafta yoğun fakat sonu güzel biten bir hafta geçirdik. Geçen hafta başladığımız miRNA fonksiyonumuzu bu hafta gerçek verilerle test ederek ve üzerinde geliştirme yaparak tamamlamamız aslında ne kadar da doğru bir yolda çaba gösterip ilerlediğimizin kanıtı oldu. Ayrıca son dakikalara sıkıştırılmış Django eğitimiyle hepimiz kendimize birer  web sayfası oluşturmayı öğrendik.

4 Temmuz

Bugün 4. haftamızın sonuna geldik. TUNA Projesi için Django'ya giriş yaptık. 

Django bizlere biraz farklı geldi. Çünkü biraz alışılmışın dışındaydı. Diğer web çatılarına göre daha ayrık ve karmaşık gibi görünüyordu. Başta alışılması zor olan bu durumun aslında bize büyük bir faydası var, elimizdeki problemleri daha küçük parçalara ayırarak çalışabiliyoruz. Bu yüzden başlarda zorlanabiliyoruz fakat alıştıktan sonra çok kolay ve pratik olarak kullanabileceğiz.

3 Temmuz- Nerden Çıktı Bu Django?

Yeniden Herkese Merhaba,

Kaldığımız yerden devam ediyoruz programımıza. TUNA Projemizin kod yazma kısmını büyük oranda tamamladık diyebilirim. Arka planı belli bir aşamaya geldi. Peki ya ön planda istediğine ulaşmak isteyen kullanıcılara nasıl bir şey sunulacak? Bunun için Web tabanlı hale getirilmesi gerekiyor. Web tabanlı hale getirilmesi ve görselliği hem kullanıcıların kolay kullanması hem de anlaması için en az kod kısmı kadar önemli. Peki biz bunun için ne yapacağız :) "Django"

2 Temmuz

Merhabalar, 

Dördüncü haftamızı da yarıladık. Bugünümüzün asıl olayı geçen hafta başladığımız miRNA projemizin kodunu bitirmemiz va çalıştırmamız oldu. Son bir pürüzü hallettikten sonra projemiz bitmiş olacak. Kod  yazmakla ilgili bugün söylemek istediğim asıl şey ise son iki gündür kullandığımız teknik.

1 Temmuz

3 haftayı geride bıraktığımız bugünlerde güne Skype görüşmesi ile başladık. Özel bir şirketin müdürü olan Zeynep ÇETEREZ’ in girişimcilik üzerine konuşmaları bize oldukça faydalı oldu. Ahmet Raşit Hocamızın bizim tek yönlü yetiştirilmemiz yerine bu alanlarda da fikrimiz olması gerektiğini düşündüğünden gerçekleştirdiğimiz bu görüşmede; şirket nasıl kurulur, kurulurken finans ne tür yerlerden sağlanır, ortak ile birlikte şirket kurmanın tek başına kurmaktan farkı nedir, proje yazarak hangi burslardan yararlanabiliriz, mikrokobi şirketlerin büyümesi için yardımcı derneklerin verdiği kilit bilgilerle şirket nasıl büyür, reklam ve pazarlamanın önemi nedir ve nasıl yapılmalıdır gibi genel başlıklar altında detaylı bir şekilde konuştuk. Sonunda ise sorularımızı sorduk ve yeterli cevaplar aldık. Görüşmenin sonunda artık her birimizin şirket kurmanın ilk adımı nasıl atılırdan itibaren kuvvetli nedenlere bağlayabileceğimiz fikirlerimiz oluştu. Her hafta Skype görüşmelerimizle bize destek olan hocalarımız sayesinde hayatımızı hangi yöne doğru şekillendireceğimiz konusunda da daha kararlı olmaya başladığımızı söyleyebilirim.

30 Haziran 2014

Merhabalar bizimle birlikte bu stajda olmayıp ama bizleri uzaktan takip eden sevgili okuyucularımız;

Bugün 4. haftamıza girmiş bulunuyoruz ve yine haftaya benim yazımla başlıyoruz. Bugün exonlar üstündeki miRNA'leri bulmayı hedefleyen fonksiyonlar yazmamız ile birlikte "miRNA Projemiz" için büyük bir ilerleme kaydetmiş oluyoruz ve bu bizler için büyük önem taşıyor. Bugünkü yazımda sizlerle bu fonksiyonları yazmak için sarf ettiğimiz çabadan, ama onun hemen öncesinde güne nasıl bir başlangıç yaptığımızdan ve en son olarakta günü kapatırken izlediğimiz harika filmden bahsedeceğim.

23 Haziran Haftası

Birlikte çalışmaya başlamamızın 3. haftasını geride bıraktık. Geçtiğimiz hafta neler yaptığımıza dair birçok detay bu blogda ve kişisel bloglarda paylaşıldı, yine de kısa bir özet iyi olur diye düşünüyorum.

Artık yavaş yavaş geri plana çekilmeye başlıyorum çalışmalarda; planlama, kodlama ve süreç yönetimi konusunda ekibimin yeterince olgunlaştığını düşünüyorum. Yine ikişer sunumla tamamladık haftayı, çok daha profesyonelleşmiş ve kişisel imzaların daha belirgin hale geldiği sunumlar dinliyorum büyük bir keyifle. Kodlama sürecinde farklı bir araç olan iPyhton Notebook'u denedik ve proje yönetimi konusunda deneyim kazanmak için üzerinde çalışmaya başladığımız miRNA projesinde bu araçtan faydalandık. Pivotal Tracker ve Wiki kullanarak gerçekleştirdiğimiz dökümantasyonun faydasına ilişin en belirgin gösterge ise, haftanın başında rahatsızlanarak projeyi evden takip etmek zorunda kalan Bihter'in projede geri kalmadan çalışmalarını yürütmesiydi. Burak ve Elif miRNA konusunda birer sunumla temel bilgileri edinmemizi sağladılar, Bihter ise görüntüleme yaklaşımları konulu sunumumu sanki kendisi hazırlamış gibi benimseyerek güzel bir şekilde bizlere takdim etti.

28 Haziran

Merhaba Arkadaşlar,

 Geçen haftadan itibaren kafamızda tam olarak canlanamayan projelerimiz ve ortak projemiz olan Tuna projesi hakkında detaylı bilgileri toplayarak neler yapacağımızın, hangi yolları izleyeceğimizin kaba taslak bir resmini bu hafta tüm ekip olarak çıkarmış bulunmaktayız.

27 Haziran

Ve bugün 3. staj haftamızın sonuna geldik. Bugün bireysel projelerimiz hakkında sunumlar yaptık. Bu sunumların bize birçok faydası oldu hem yeni gelecek ekip arkadaşlarımız için bir hazırlık oldu hemde ortak bir tartışma ortamı yakalayarak projelerimizin daha iyi şekillenmesini sağladı.

26 Haziran- TUNA'nın İlk Taşı

Merhabalar, 

Staj programımız tüm hızıyla devam ediyor. 3. haftamızıda tamamlamak üzereyiz. Artık TUNA projemiz ciddi manada şekillenmeye başladı.TUNA projesi ile ilgili çalışmalarımıza geçmeden önce gün içinde neler yaptığımızdan bahsetmek istiyorum biraz. Bugün güne Ahmet Raşit Hocamızın microArray konulu sunumu ile başladık. Aslında bu konu onun yüksek lisans tez konusuymuş. MicroArray nedir? Nasıl analiz edilir? gibi soruların cevabını aldık. Bu soruların cevabını alırken,aslında arka planda da doğru bir sonuca ulaşmak için biyoinformatikçilere ne kadar çok iş düştüğünü görmüş olduk. Aslında veriyi analiz etmek için gerekli programlamayı yazmak işin çok küçük bir kısmıymış. Asıl mesele o verinin doğru şekilde "Normalizasyon" ile verinin kıyaslanabilir hale getirilmesi ve verilerin bu esnada yanlışlıkla saptırılmamasıymış. MicroArray'in biyoinformatik analizi hakkında daha fazla bilgi edinmek için linkteki bloğu inceleyebilirsiniz.

25 Haziran

Bugün de merhaba...

Bizi takip edip de AG Biyoinformatik'i bilmeyen yoktur. Doğum gününü kutladık bugün AG'nin. Staj ekibimizle hazırlıkları tamamladıktan sonra Hocamız'la paylaştık.  Biraz duygusal biraz eğlenceli, hep beraber çok güzel vakit geçirdik. Nazar değimesin çok uyumlu bir ekibiz :)