25 Haziran

Bugün de merhaba...

Bizi takip edip de AG Biyoinformatik'i bilmeyen yoktur. Doğum gününü kutladık bugün AG'nin. Staj ekibimizle hazırlıkları tamamladıktan sonra Hocamız'la paylaştık.  Biraz duygusal biraz eğlenceli, hep beraber çok güzel vakit geçirdik. Nazar değimesin çok uyumlu bir ekibiz :)

Sonrası çalışma vakti. Bugün yapacaklarımızın listesiyle başladık işe. "Zaman Serileri (time series)" ve Serbestlik Derecesi (Degrees of Freedom)"ın mantığından bahsettik biraz. Dergi takip etmenin önemini ve neden gerekli olduğunu konuştuk. Forbes, GenEngNews gibi dergiler olduğunu ve  ne dediklerini az çok bilmenin güzel olacağını öğrendik. Yeni Nesil Dizilimleme'den bahsettik biraz da. Şirketler ne durumdaymış, kim kimi satın almak istiyormuş, neden istiyormuş dedikosu yaptık.

"Bir proje nasıl yazılmaya başlanır" deyip başladı Hocamız tahtada anlatmaya. Bir buçuk iki günde bir proje taslağı ortaya nasıl çıkar? Amaç sadece yolu yordamı öğrenmekti ve bir anda öyle bir başladık ki, tahtamız küçük geldi ve daha büyük bir tahta getirdik (yan sınıftan çarptık :)). Cuma günü kişisel projelerimizi sunacağız bu yaklaşımla, epeyce çalışmamız gerekecek gibi. Şimdi nasıl başlanır proje yazmaya ondan bahsetmek istiyorum.

İlk önce konu belirlendi: miRNA'ların muhtemel bağlanma bölgelerini  bulacağız. Tabii bunun için önce miRNA ne işe yarar, intronlarda miRNA olabilir mi, intronları eksonlarda arasak ne buluruz, ve bu intronları bulmak için nerelere bakmalıyız, bitki ve hayvanlarda farkları var mı sorularına cevap aradık. miRNA genel bilgisi için Burak ve benim hazırladığımız kısa sunumlardan yararlandık. miRNA'ların bitkide eksonlara bağlandıklarını, 20-21 bp uzunluğunda olduklarını ve bağlandığı bölgeyle neredeyse tam uyum gösterdiklerini öğrendik. Ayrıca miRNA'ların evrimsel süreçte korunan bölgelerden oluşması da ileride işimizi kolaylaştıracak bilgilerdendi. Projeyi kolaylaştırmak için, arama yapacağımız alanı, miRNA bilgilerimizi kullanarak olabildiğince daraltmaya çalıştık. Öğrendiklerimiz sonunda bitkiyle, hem de ticari bir bitkiyle, şeker pancarıyla (Beta vulgaris) çalışmaya karar verdik.

Proje yazmanın ilk üç aşamasıyla başladık. Bunlardan ilki "veri kaynağı"ydı: Şeker pancarını seçmemizin bir nedeni de genomunun fazla kalabalık olmamasıydı. Veri tabanından ekson ve intronlarını çekmemiz gerekiyordu çalışmak için. İkinci aşamamız "yaklaşım"dı: Aradığımız miRNA'ların özelliklerinden yola çıkarak geliştirdik yaklaşımı. Ekson ve intron komplementer olmalı, ayrıca her intron içinde miRNA sekansının yakınında kendi komplementeri olmalı (Bunu miRNA'ların "hairpin" yapısından yola çıkarak söyledik.). Üçüncü aşama ise "kod ve algoritma geliştirme"ydi: Her bir introndaki 20 bazlık tüm sekansları bulmak ve bulduğumuz her sekansı eksonlarda aramak üstüne yapmaya karar verdik. 

Bunları planladıktan sonra kolları sıvadık ve "1. İş Paketi: İntron ve Eksonların Belirlenmesi" için çalışmaya başladık. Tabii ki veri indirmekle başlamalıydık ve ilk sorunumuzla daha bu aşamada karşılaştık. Şeker pancarı (Beta vulgaris) için düzgün veri bulamadık. BioMart en güvendiğimiz veri tabanıydı ancak şeker pancarı verisi yoktu. Biz de çözüm olarak yine ticari bir bitki olan üzüme (Vitis vinifera) geçmeye karar verdik. Bu kez veriler BioMart'ta bulduk ve indirdik. Yarın devam etmek üzere bugünlük bıraktık.

Filmimiz "M.Ö. 10000"di. Sonunda çeşitli tartışmalara sebep olan film bence çok güzeldi :) Filmden sonra da bol kafa yormalı bugünümüzü de kapattık.

Sevgiler,

Elif