Merhabalar,
Yoğun bir şekilde devam eden staj programımızdan kaldığımız yerden devam ediyoruz. Yaklaşık olarak çok keyifli ve verimli iki haftayı geride bıraktık. Sizlere payıma düşen kısımdan anlatmaya devam edeceğim :) Bu haftaki yazım için aramıza yeni katılan Burak ve Ceyhun arkadaşımızdan da söz edeceğim. İyi okumalar:)
Yazıma ismine ekip arkadaşlarımın daha önceki blog yazılarından aşina olduğunuz TUNA projemizden bahsederek giriş yapmak istiyorum. Projemiz Ahmet Raşit Hocamızın yönlendirmesi ve yazmaya başladığımız kodlar ile git gide şekilleniyor. Bu projemizde bilimsel araştırmalarda akademisyenlerin çok işine yarayacağını düşündüğümüz ama göz ardı edilen bilgileri derleyip aynı zamanda ilişkilendirerek kolayca anlayabilecekleri bir hale getirip işlerini biraz daha kolaylaştırmayı hedefliyoruz. Artık gen ve protein bazındaki çalışmalar tek başına çok bir anlam ifade etmiyor. Anlam ifade etmeleri için hem kendi aralarındaki bağlantının yorumlanması hem de hücrede görev aldıkları yolakların ilişkilendirilmesi büyük öneme sahip. Bu nedenle hücre üzerindeki etkisini metabolizma seviyesinde araştıran Sistem Biyolojisi çalışmaları giderek artıyor. Bu çalışmalar sonucu çıkan verinin doğru, sistematik ve hızlı bir anlamlandırılması, işlenmesi, ilişkilendirilmesi, depolanması ve insanların anlayabileceği şekilde görselleştirilip aktarılması için biyoinformatiksel olarak yapılacak çok iş var.
Malumunuz elimizde inanılmaz derecede çok fazla kayıtlı biyolojik veri var. Ne yazık ki bu bilgiler dağınık olarak sunuluyor. Bu da verilerin yorumlayarak anlamlı bir çıkarımda bulunulmasını zorlaştırıyor. Yapılacak bir araştırma için bütün şimdiye kadar yapılmış olan verileri tek tek incelemek ve değerlendirmek çok zor ve uğraştırıcı olduğundan büyük resmi göremeden devam etmek zorunda kalıyoruz. Biyoinformatik yardımıyla bu çok sayıda veriyi ilişkilendirip yorumlar ve insanlarında kolayca anlayabilecekleri şekilde sunabilirsek büyük resmi daha rahat görebiliriz. Böylece sonraki araştırmalarımız için daha emin adımlar atabiliriz. Bu ise sonuca hızlı ulaşmak için çok önemlidir. TUNA projesi bu anlamda bir eksikliği bir nebzede olsa gidermeyi amaçlıyor. Buna ek olarak Türkçe dil seçeneği de sunarak Türkçe eğitim gören öğrencilere ve İngilizce sıkıntısı çeken ilgili insanlara da bilgiye kolay ulaşılabilmeleri açısından alternatif sunarak başka bir eksikliği de gidermeyi umuyoruz. Türkçe dil seçeneğinin yanında İngilizce dil seçeneği de isteyenler için tercih edilebiliyor olacak. Bunlara ek olarak benim için ayrı bir öneme sahip olan kısmı ise, bize ait olan bir bilimsel sitemizin olacak olması. Burada bizden kastım ise kendi ülkemize ait bir şeylerin olması. Buraya kadar sanki sadece Türkiye sınırları içinde kullanılması amacıyla hazırlanan bir proje algısı oluşmuş olabilir. Ama sağlayacağı kolaylıklar açısından bilimsel çalışmalarda bulunan tüm insanlar için kullanılabilir ve işlerini kolaylaştırıcı bir site hazırlamayı planlıyoruz. Stajımızın ilerleyen zamanlarında projemizin ilerleyişi hakkında blog yazılarımızdan haberdar olabileceksiniz.
Staj boyunda düşe kalka öğrenerek bu hedefimize ulaşmaya çalışıyoruz. Kaostan bir düzen çıkarmayı amaçlıyoruz anlayacağınız :)
Peki Biz Bu Hedefimize Ulaşmak İçin Bugün Ne Yaptık?
Size daha önce bilgilerin dağınık olarak sunulduğundan bahsetmiştim. Bu gün dağınık olan bu bilgilere nasıl ulaşabileceğimiz ve bu bilgileri nasıl derleyeceğimiz üzerinde çalıştık. İlk olarak "Ensembl Genome Browser" sitesinde yer alan insan(Human,Homo sapiens) için kayıtlı olan bilgileri ve nasıl sunduklarını inceledik. Bu bilgileri nasıl kullanabileceğimiz ve nasıl amacımıza yönelik şekillendireceğimiz üzerinde yoğunlaştık. Ayrıca TUNA projesinde kullanacağımız bilgileri indirirken mevcut bilgi yığını arasından doğru bilgiyi nasıl ayırt edeceğimizi öğrendik. Doğru bilgiye ulaştıktan sonra bu bilgiyi açmak, yazdırmak ve işlemek için kullanmamız gerekecek kodları oluşturduk. Bu iş epey zamanımızı aldı. Önce kodları öğrenmemiz ve sonra bunu amacımıza yönelik nasıl kullanacağımızı kurmak gerekiyordu. Yeni ekip arkadaşlarımız Burak ve Ceyhun programlama konusunda daha tecrübeliler. Bu açıdan karşılıklı Genetik ve Programlama bilgi akışı sağlanıyor ve birbirimizi tamamlıyoruz.
Son olarak bu gün yaptığımız önemli bir diğer iş ise kendi bireysel projelerimizi belirlemek oldu. TUNA projesine dahil olurken aynı zamanda hepimizin yürütmesi gereken bireysel projelerimiz olacak. Projemizin ne olacağını ve nasıl organize edeceğimizi kararlaştırdık. Bu projelerimizde de yine eksik olduğumuz kısımlarda ekip arkadaşlarımızdan ve Ahmet Raşit Hocamızdan yardım alacağız. Ama büyük bir çoğunluğu ve fikir bize ait olacak. Ahmet Hoca bu aşamadan sonra kendini çekecek ve biz su yuta yuta yüzmeyi öğreneceğiz. Hocalarımız boğulana kadar müdahale etmeyecekler. Umarım geç kalmazlar :) Hocalarımız demişken Ahmet Raşit Hocamız bizimle değilken bizimle ilgilenen ve bu programlama aşamalarında bize yardımcı olacak bir hocamız daha var. Fatih ÖMERLİ Hocamız. O da elinden geldiğince bize yardımcı oluyor. Ona da ayrıyeten teşekkür ederiz. Hepimize kolay gelsin :)
Sevgiler
Cansu TEKİN
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder