Merhabalar bizimle birlikte bu stajda olmayıp ama bizleri uzaktan takip eden sevgili okuyucularımız;
Bugün 4. haftamıza girmiş bulunuyoruz ve yine haftaya benim yazımla başlıyoruz. Bugün exonlar üstündeki miRNA'leri bulmayı hedefleyen fonksiyonlar yazmamız ile birlikte "miRNA Projemiz" için büyük bir ilerleme kaydetmiş oluyoruz ve bu bizler için büyük önem taşıyor. Bugünkü yazımda sizlerle bu fonksiyonları yazmak için sarf ettiğimiz çabadan, ama onun hemen öncesinde güne nasıl bir başlangıç yaptığımızdan ve en son olarakta günü kapatırken izlediğimiz harika filmden bahsedeceğim.
Önceki gün Burak, Cansu ve ben biraz çılgın planlar içine girmiştik ve dayanabileceğimiz kadar GenKök'te kalıp Python çalışmayı ve diğer yapmamız gerekenleri yapmayı kafamıza koymuştuk. Bu yüzden de GenKök'te bol çalışmalı uzun bir gece geçirdik. Hava aydınlanmaya doğru ben daha fazla dayanamayacığımı düşünüp odama döndüm ama onlar çalışmaya devam ettiler. Sonrasında öğrendim ki onlarda pek dayanamamışlar ve koltuklarda uyuyakalmışlar. Durum böyle oluncada sabah kalkmamız biraz zor oldu. Geçen haftadan bu hafta artık daha bireysel çalışmalar yapacağımız için herkes istediği vakitte gelebilecek ama belli saat aralığında ortak çalışmalarımıza devam edeceğiz kararı almıştık. Bunların etkisiyle de çalışmalarımıza normalde başladığımız vakitten biraz daha geç başladık. Hocamız ve Bihter ile Elif arkadaşlarımız bu haftasonu bir proje için Ankara'ya gitmişlerdi ve döndüklerinde Ahmet Hocamızın eşi Melike Hanım ile birlikte döndüler. Melike Hocamızın da enerjisi çok yüksek ve çok sıcak biri olduğundan günümüze baya bir enerji kattı ve güzel bir çalışma günü geçirdik.
Öğlen yemeğe çıkılıp dönüldükten sonra geçen hafta yapmayı hedeflediğimiz ama yetiştiremediğimiz miRNA'leri bulmak üzerine yazılacak fonksiyonumuzla uğraşmaya başladık. Geçen hafta en son Vitis vinifera(üzüm) genomundaki intronları bulan fonksiyonumuzu tamamlamıştık ve bu fonksiyonu geliştirerek miRNA'leri nasıl bulabileceğimiz üzerine konuştuk. Bunun için Ahmet Hocamız 2 farklı yöntem sundu bizlere ve bizlerde 2 gruba ayrılıp bu yöntemlerden birini seçerek fonksiyonlarımızı yazmaya başladık. 1. yöntemimiz intronların üzerindeki 20 bazlık olası miRNA'ları bulup her bulduğu olası miRNA'yı exonlar üstünde aramak ve aranılan olası miRNA exon üstünde de görüldüğünde miRNA olarak atamak üstüne bir yöndemdi. 2. yöntemimiz ise yine intronlardan oluşabilecek olası miRNA'ları bu sefer 15er bazlık şekilde bulup bir dictionary'e atamak ve sonrasında bu dictionary'deki bütün olası miRNA'ları exonlar üzerinde arayıp bulduğunu miRNA olarak atamak üstüneydi. Hocamız bizlere bu fonksiyonları yazmak için 2 saat verdi ama bizler 2 saatin sonunda malesef bu fonksiyonları tam çalışır şekilde elde edemedik. Bu yüzden de bu hafta sunum yapmama cezası aldık. Sonrasında da Hocamız fonksiyonların nasıl olacağını bizlere gösterdi ve bizlerin fonksiyonları üzerinde değişiklikler yaparak çalışır hale gelmesini sağladı.
Fonksiyonları yazarken artık hepimizin kafası çok yorulmuştu ve iftar vaktininde yaklaşmasından dolayı akşam yemeği yeme vaktimiz gelmişti. Durum böyle olunca da hep beraber Veterinerlik Fakültesinin kantininde bizim için özel hazırlanmış çok güzel bir iftar sofrasına gittik ve yemeklerimizi yedik. Yemekten döndükten sonrada yine GenKök'e döndük ve haftalık film izleme aktivitemizi bu sefer pazartesi gerçekleştirdik. Bu hafta yine cipslerimizi ve içeceklerimiz eşliğinde "Into the Wild" adlı uzun süredir izlemeyi düşündüğüm ama bir şekilde izleme şansı bulamadığım muhteşem filmi izledik ve duygusal bir son ile günümüzü sonlandırdık.
Takipte ve bizlerle kalın.
Sevgiler.
M. Emre Sümer
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder