23 Haziran

Merhabalar,

  Yine bu haftaya da benim yazımla başlıyoruz ve diğer arkadaşlarımın muhteşem yazılarıyla devam edeceğiz. Bugün stajımızın 11. günü ,tabii hafta sonları çalışmamış varsayarsak, ama biliyoruz ki bu stajda  durmak yok. Hafta sonu da hepsini olmasa da büyük kısmını çalışarak değerlendiriyoruz. Bu yüzden de ben bu yazımda kısacık hafta sonu neler yaptığımdan ve sonrasında da bugün neler yaptığımızdan bahsedeceğim.

  Geçen hafta sonunu o kadar iyi değerlendirmediğinden, doğrusu uykumu çok güzel alamamış olmamdan, dolayı geçen hafta boyunca kendimi biraz yorgun hissediyordum. Bu yüzden bu hafta sonu güzel bir uyku çektim kendime. O kadar işe yaramış olmalı ki bugün motivasyonum ve konsantrasyonum oldukça yerinde başladım haftaya. Haftasonumu ayrıca çamaşır yıkamak, odamı toparlamak, gezmek gibi kişesel ihtiyaçlarımı gidermek için harcadım. Bunların dışında da tutorialspoint'ten Python'daki komutları araştırmak, kendi kişisel projem için Restriction Endonuclease'lar ve Cloning Vector'ler hakkında araştırma yapmak ve Avrupa'daki üniversitelerdeki Biyoinformatik master programları ve  hocaların çalışma alanlarını incelemek gibi aktivitelerde bulundum. En güzeli de Kayseri'de kendimi GenKök'ten sonra en ait hissettiğim güzel bir çalışma ve motive olma mekanı buldum.

  Hafta sonu bu kadar güzel şeyler yaptıktan sonra haftaya da kafamda stajdakiler dışında başka yapmam gerekenler olmadan ve dinlenmiş bir şekilde başlamış oldum. Bugün Ahmet Hoca olmamasına rağmen baya verimli bir gün oldu benim için. Güne önceden yazmış olduğumuz fonksiyonları Pivotal Tracker'a ve Wiki'ye girerek başladık. Sonrasında da Cuma günü BioMart'tan bakarak oluşturmaya karar verdiğimiz fonksiyonların arasından yazmayı istediğimiz fonksiyonları seçtik. Biz grup arkadaşım Cansu ile mRNA sekansı üzerinde 5'UTR ve 3'UTR bölgelerini bulmayı hedefleyen fonksiyonları yazmayı seçtik ve günün sonunda "napıyoruz biz ya" diyecek hale geldik. Çünkü fonksiyonları yazarken gerçekten oluşturulması baya zor bir algoritması olduğunu farkettik kendilerinin. Algoritmayı oluştururken 3'UTR bölgesini bulmak için önce mRNA dizimizi kodonlara ayıran sonra kodonlar arasından başlangıç kodonunun yerini bulan ve bulduğu yerden öncesini 5' UTR olarak atayan bir fonksiyon oluşturmuştuk ama sonrasında farkettik ki 5'UTR sekansı 3'ün katı olmak zorunda değildi. Bunun üstüne 5'UTR ve 3' UTR hakkında daha kapsamlı bir araştırma yapıp fonksiyonumuzu yeniden yazdık. Biz bunları yaparken aslında diğer yandan da başka sorunlarımız da vardı. Çünkü Bihter arkadaşımız rahatsızlandığı için Burak ve Elif onu hastaneye götürmüşlerdi ve aklımız onlardaydı. Günün sonunda hastaneden döndüler ve Bihter de kendini daha iyi hissediyordu. 

  Kısacası bu pazartesi bol fonksiyon yazmalı, bol hastalıklı, bol kafa yormalı ve daha nice bol şeylerle dolu bir gündü. Haftaya yeniden görüşmek üzere... 

Sevgiler,

M. Emre Sümer