12 Ağustos

Merhaba,

Eğitimimizin bu son haftasında sanırım son blog yazımı gerçekleştirmiş olmanın garip hissiyle yazıma başlıyorum. Eğitime başlayalı 2 aydan uzun bir süre oldu. Bu 2 ay dolu dolu geçtiğini yazdıklarımızı takip edenler farkındadır diye düşünüyorum. Gelelim bugün neler yaptığımıza...

Yine her Salı olduğu gibi güne Skype görüşmesi ile başladık. Ömer Sinan Saraç ile gerçekleştirdiğimiz bağlantımızda kendisini tanıyarak zamanımızı doldurmaya başladık. Lisans eğitimi Bilgasayar Mühendisliği olan Sinan Bey, yüksek lisansta robotik üzerine çalışırken asıl isteğinin bilişsel [cognitive] bilim olması üzerine bir de biyolojiyi sevdiğinden dolayı doktorada biyoinformatik alanını tercih ediyor. Biyoinformatik anlatırken konuya hakim oluşu ve heyecanınından dolayı yaptığı tercihten ne kadar keyif aldığını görebiliyoruz. Şuan İTÜ' de hoca olan Sinan Bey' in yüksek lisans programı için biyoinformatik dersi vereceğini de belirtmeden geçmeyeyim.

Kısaca görüşmeden bahsedecek olursam, daha çok Machine Learning üzerine çalışıyor ve Machine Learning' den sanat diye bahsediyor. Sanat demesinin nedeni ise; Machine Learningi'n ne olduğunu bunun üzerine çalışan herkes biliyor fakat nasıl uygulayacağını bilmek insanın kendisine kalıyor. Machine Learning'de amaç bilgisayara yapay zeka gibi davranarak ona öğretmek ve fonksiyon bulmaya çalışmak. Fonksiyon bulmak ise şu; elimizde var olan probleme dair oluşturduğumuz algoritmayı datanın özniteliklerine bakarak fonksiyon yazmak. Öznitelikler ne kadar çok artarsa gerçekten o kadar hızlı uzaklaştığımızı şu örnekle verebiliriz. İki bilim insanı arasında geçen konuşma da kimyacı matematikçiye diyor ki bu özniteliklerle fili oluşturabilirim, bir öznitelik daha eklersem filin hortumunu bile hareket ettirebilirim. Yani bu da demek oluyor ki aslında herşeyi yapabilmek bizim elimizde. Bilgisayarın zekası tamamen bizlerle sınırlandırıldığından dolayı doğru kullanmak yine bize kalıyor. Hayali sonuçlardan uzak durmak adına öznitelik çıkartırken datanın tamamı değil de istediğimiz özelliğin bulunduğu yerin olası yerler olmasına dikkat ederek, bu olası yerlere yönelmemiz gerekiyor.

Programlama nasıl öğrenilir sorusuna ise şöyle cevap veriyor; mutlaka program yazmanız gerekiyor, kendi tabiri ile ise “Eli kirletmek gerekiyor!” diyor. Ayrıca sağlam bir biyoinformatikçi olmak istiyorsak sağlam bir istatistik bilgisine ve bununla bağlantılı olan Machine Learning bilgisine sahip olmamız gerekiyor. Moleküler biyologların en büyük hatası ise lisans eğitiminde istatistik alırken bu dersi pek umursamayarak daha çok genetik konularına yönelmesi oluyor. Fakat ne yazık ki sadece laboratuvardaki deneysel çalışmalar bir ürün ortaya koymak için yeterli olmuyor. Bir projede istatistikçisiz çalışmak ölümden sonra otopsi doktoru çağırmak gibi oluyor, eğer deneyiniz yaşasın istiyorsanız istatistikçiyle koordineli çalışın diyor Sinan Bey. İstatistiğin ve biyoinformatiğin değerini çok net bir şekilde ortaya koyduktan sonra bizlere bu alanlarda kendimizi daha da fazla geliştirmek kalıyor. Bu geliştirmenin en iyi yolu için ise şunu söylüyor; öğrenmenin en iyi yolu kendi modelini oluşturmak. Daha önce bildiğiniz herhangi bir şey ile yeni öğrendiğinizi ilişkilendirirseniz öğrenmek daha kısa süre alacaktır.

Son olarak da konuşmasını bize beyin çalışması yaptırarak bitiriyor. Şöyle bir soru soruyor. Bir hapishane de 20 mahkum var. Bunların her birine bir sayı veriliyor. Bu sayılar başka bir odada kutuların içine teker teker saklanıyor. Her kutunun da kendine ait numarası var. Her bir mahkum teker teker bu odaya götürüyor. Kendi sayısını içeren kutuyu bulması için 10 kutu açma hakkına sahip. 10 deneme sonunda kutuyu bulamazsa tüm mahkumlar idam edilecek. Kendi sayısını içeren kutuyu bulan mahkumlar ise başka bir odaya alınıyor. Tüm mahkumların tek tek odaya girip 10 denemede kendi kutularını bulup hayatta kalma şansını yakalamalarının olasılığı nedir? Hayatta kalma olasılığı hangi stratejilerle arttırılabilir?  Peki sizce bu soruda tüm mahkumların hayatta kalmada en yüksek olasılığı nedir? Nasıl hayatta kalmayı başabilirler?

Skype görüşmesinden sonra 9 kişi bir arabaya sığmayı başarıp yine çok sevdiğimiz Starbucks'a doğru yola çıktık. Öncesinde hep beraber yemek yedikten sonra team viewer programı yardımıyla çalışmaya başladık. Bayes ile daha öncesinde de bahsettiğim elimize gelen yazının hangi blog yazarına ait olduğunun tespiti için Python' da yazdığımız kodu çalıştırdık. Sonuçlar gerçekten de güzeldi. En garibi de 4-5 arkadaşımın yazılarının bana benzer olarak çıkması oldu. Daha sonra GenKök'e dönüp çalışmamıza devam ettik.

Diğer bir Skype görüşmemiz ise çok daha farklı bir alanda çalışan Selin Arslanhan ile gerçekleştirildi. Selin Hanım' ı daha kısaca tanıtacak olursam, lisansı Moleküler Biyoloji ve Genetik üzerine. Daha sonrasında MBA' da yüksek lisansını yapmasıyla biyolojiyi işletme alanına taşımasıyla çok nadir görülen ve cesaret gerektiren bir tercih yapmış. Öncesinde alışma süresinde çok zorlandığını belirtmesine rağmen hiç bir zaman amacından vazgeçmediğini söylüyor. Bu dönemlerde duygusal yönden en büyük destekçisi eşi olmuş. Başlangıçta işletme alanına entegre olurken o alana ait olmadığından doğru kelimeleri kullanamamasından dolayı aklındaki soruları aktarabilmekte ve cevap bulabilmekte çokça zorlanmış fakat aklında gitmek istediği bir hedef olduğundan dolayı devam etmiş. Şimdi ise şöyle diyebiliyor; “Evet aklımda bir hedef vardı, yapmak istediklerim vardı, bir yol da vardı ama bu işi bu kadar isteyip bu kadar sevebileceğimi bilmiyordum”. Zamanla daha da çok şey öğrenmiş. Şuan TEPAV' da [Türkiye Ekonomi Politikaları Araştırma Vakfı] sağlık politikaları ve yaşam bilimleri ile ilgili çalışıyor. Enerjisinin yüksekliğini ve konuşmasındaki akıcılığını görüşme boyunca çok rahatlıkla görebiliyoruz. Kendisi zaten sürekli sunumlar yapan biri ve bunu çok iyi yaptığını tahmin edebiliyorum. İşi gereği sürekli sunum yapmasına rağmen sunum yapacağa yere göre her seferinde farklı sunumlar hazırladığını bizlerle paylaşması ben de şu izlenimi bıraktı; Selin Hanım işini çok ciddiye alıyor ve en iyi şekilde yapıyor. Osman' da Selin Hanım'dan şöyle bir yardım istedi. Sizlerin de bildiği gibi Moleküler Biyoloji diye bir ünvan yok. Bunun için neler yapabiliriz? Biz gelecek haftadan itibaren bunun üzerine çokça kafa yoracağız. Desteklerinizi şimdiden bekliyoruz. Ayrıca Selin Hanım'a da bir “Moleküler Biyolog hangi alanlarda çalışır” algıma bir yenisini ekleyip uykumu genişlettiği için teşekkürlerimi iletiyorum. Çok yakın zamanda adını çokça duyacağımıza hiç şüphe duymadığım Selin Arslanhan ile çalışma alanına ilgi duyan herkes iletişime geçebilir.

Gecenin sonunda ise yine GenKök'ün merdivenlerinde yerlerimizi alıp Python kodumuzdaki son düzenlemeleri yapıp sonuçları inceledik. Ahmet Hocayla Osman, Burak ve benim girdiğim iddaayı kaybettiğimizi de söylemeliyim. Her zaman neden hocalar haklı çıkmak zorunda ki :). Sabaha doğru ilerlediğimiz saatler de ise film izledik. Sihirbazlar Çetesi filmi genel olarak güzeldi. Sonra kimilerimiz sabahlamaya devam ederken kimimiz evlerimize döndü.

24 saat bizlere yetmiyor. Hem çalışıyor hem de bundan çokça keyif alıyoruz. Ekibin kendi arasında bu kadar uyumlu olması ise bir harika.

Sevgiler,

Bihter