30 Haziran Haftası

Çalışmalarımızın 4. haftasını da geride bıraktık, ve zaman su gibi akıp geçiyor. Ancak katettiğimiz yola baktığımızda olağanüstü bir performans sergilendiğine şahit oluyorum. Bu hafta yeni bir kavramla daha tanıştırdığım ekibimi sürekli zorladığımı hissediyorum, ancak onlar da bundan gayet keyif alıyor görünüyorlar :) Kendi bakış açımla bu hafta neler yaptığımızdan bahsetmek istiyorum.

miRNA keşif projesi enteresan bir programlama projesi ve bünyesinde birçok zorluğu da barındırıyor. Bunun temel nedeni, gerçek verilerle gerçek bir proje olması. Doğru veriyi bulmak ve bu veriyi işleyebilmek başlıbaşına bir problem. Elimizdeki veriler 29971 geni kapsıyor, yani önce standart bir yaklaşım bulup, ardından bunu büyük veriye uygulamak gerekiyor, bu da beraberinde performans problemlerini getiriyor. Yani olay çalışan kod yazmanın bir adım ilerisine geçiyor, hızlı çalışan ve RAM'i verimli kullanan kod yazmaya doğru gidiyor.

Bu proje kapsamında yaptığımız bir başka şey ise, farklı yaklaşımlarla farklı algoritmalar geliştirmek oldu. Yani çözüme birden fazla yolla gitmeye ve bu doğrultuda program geliştirmeye çalıştık. Bunu yaparken önce iki, sonra üçlü gruplar oluşturduk. Son aşamada da geliştirdiğimiz kodları ekrana yansıtıp birlikte tartışarak geliştirdik. Herkes sırasıyla en az birer satır ekledi veya değiştirdi, ve son haline getirdik programımızı. Verinin boyutu büyük olduğu için henüz tam sonuç elimize geçmedi, sunucumuzda çalışmaya devam ediyor.

Bu hafta yoğunlaştığımız bir diğer konu ise terminal kullanımıydı. UNIX tabanlı işletim sistemlerini kullananlar kabuğun [shell] ne kadar marifetli olduğunu bilirler, ekibim de büyük oranda aşina olmaya başladı. Bir de terminalden Vi'nin nasıl kullanılacağı üzerine deneyim edindiler, bunun da kıymetli bir deneyim olduğunu düşünüyorum. Biyoinformatik çalışıp da UNIX'i öğrenmemek mümkün değil, bu nedenle ekibimin sağlam bir temel oturtmaya başladıklarını düşünüyorum.

Giriş yaptığımız bir diğer kavram ise web programlama oldu. Bunun için Django kullanıyoruz, bir önceki yazımda bundan bahsetmiştim. Django'yu öğrenmek biraz emek istiyor ve piyasada yeni başlayanlar için pek bir kaynak yok maalesef, bu da öğrenmek isteyenleri büyük bir hayalkırıklığına uğratıyor. Bu doğrultuda benim de büyük oranda faydalandığım ve mevcut kaynaklar arasında en iyisi olduğunu düşündüğüm bir kitabı takip ederek ilerliyoruz. Böylece bireysel projeleri de web tabanlı olarak geliştirebileceğiz.

Önümüzdeki hafta kalabalıklaşıyoruz, hatta ekibimin büyüklüğü iki katına çıkacak :) Haziran Grubu büyük oranda Temmuz Grubu'na liderlik edecek ve kişisel gelişimlerinde destek olacak. Biraz yoğun ve kaotik bir hafta olacağını tahmin ediyorum ancak sonrasının güzel bir şekilde ilerleyeceğini düşünüyorum, her zamanki gibi B ve C planlarım var :)

Temmuz Grubu'nun değerli üyeleri Ayşegül, Çağla, Evrim, Fatma, Hande, Mustafa ve Osman, şimdiden aramıza hoşgeldiniz :)