Biyoinformatik 2014 yaz stajına, 7 temmuz pazartesi başladım ve hızlıca adapte olmaya çalışıyorum. Staj hakkındaki duygu ve düşüncelerime, geniş anlamda kişisel blogumda yer vermeyi planlıyorum. Perşembe günleri de edindiğim bilgileri buradan sizlerle paylaşıyor olacağım.
Ahmet Hocamız'la biyoinformatiğin temellerine yolculuk çok keyifli ilerliyor. Biyoinformatik alanına çok hızlı bir giriş yaptığım için, genel bir bakışa gerçekten ihtiyacım vardı. Ayrıca sadece stajda yapacağımız uygulamalardan değil, biyoinformatikle ilgili neler bilmemiz gerektiği, hangi programı nerede, hangi amaçla kullanacağımız üzerine de konuştuk. Dün geniş kapsamda "Insight Data Science" programından, D3'ün çok bilinmediğinden fakat bu gibi programlara kabul almak için çok önemli olduğundan bahsettik. 'Machine learning'i insan hafızasına benzettik ve kısaca insan hafızasının bilgisayara uygulanması olarak tanımlayabileceğimizi konuştuk. 'Shotgun sequence' [Hedef dizileme] tekniği ile başlanan İnsan Genom Projesine, Craig Venter'in kullandığı teknikle devam edilmesi, bugünkü biyoinformatiğin temelini oluşturmuştur.
Stajdaki amacımız "Paradigm Shift" yani bakış açımızı değiştirmek. Çok alışık olduğumuz olgular aynı bakış açısıyla çözülemez, bunun için farklı bakış açılarıyla bakmalıyız. Paradigma değişimine, miRNA'ların keşfi çok güzel bir örnektir. miRNA'lar 20 bazlık, çift zincirli RNA'lardır. Çok kısa olduklarından jelde hep en altta görünürler fakat uzun süre onların miRNA olduğu fark edilmemiş ve sadece kırık nükleik asit oldukları düşünülmüştür. Jelden izole edilip boyutlarına bakıldığında hepsinin 20 bazlık olduğu görülmüş, hepsinin 20 baz şeklinde kırılması çok zor bir ihtimal olduğu anlaşıldıktan sonra üzerinde çalışmalar başlamıştır.
Sonuç olarak hep aynı bakış açısıyla bakmak, bazı şeyleri fark edemememize neden olabiliyor, bu yüzden amacımız mümkün olduğunca bakış açımızı değiştirmek olmalıdır. Ek bilgi olarak şunu söylemek istiyorum: bir alanda gerçekten uzmanlaşmak istiyorsak, o alana toplamda 10000 saat vakit harcamak gerektiğini öğrendim ve bu bilgi benim çok dikkatimi çekti.
Biyoinformatik staj ekibi olarak eğlenceli gelişmelerimizin yanında, bir ayrılık yaşadık dün. Haziran ekibinden Ceyhun arkadaşımızı uğurladık. Ekipten birinin ayrılması çok zor geldi hepimize. Ceyhun'a hayatında başarılar diliyorum ve biyoinformatik bağımız olduğu sürece karşılaşacağımızı düşünüyorum.
Şimdilik gelişmeler bu kadar. Perşembe görüşmek üzere :)
Sevgiler,
Çağla.
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder