2 Temmuz

Merhabalar, 

Dördüncü haftamızı da yarıladık. Bugünümüzün asıl olayı geçen hafta başladığımız miRNA projemizin kodunu bitirmemiz va çalıştırmamız oldu. Son bir pürüzü hallettikten sonra projemiz bitmiş olacak. Kod  yazmakla ilgili bugün söylemek istediğim asıl şey ise son iki gündür kullandığımız teknik.

Önceden ikili gruplar halinde yazdığımız kodlarımızı, bitirdiğimizde tüm ekiple paylaşıyorduk. İkili çalışma gerçekten keyifli ve verimli, ayrıca grup arkadaşlarımızla da uyumlu olduğumuzu düşünüyorum. Ancak iki gündür miRNA projesi için olan kodu hep beraber yazıyoruz. Dün Bihter'in de bahsettiği gibi, kodu kocaman ekrana yansıtıp, sırayla aklımıza gelenleri söylüyoruz ve sağolsun Ceyhun da bizim için yazıyor (Yazma sürecinde neredeyse klavyedeki tüm kısayolları kullanmaya başladı :)). Bu teknik de çok verimli oldu, çünkü hem herkesten farklı yaklaşımlar çıkıyor ve hepsini görüyoruz, hem de nerelerde hata yapılabileceğini de görüp, hepsini bilinçaltına atmış oluyoruz. Kodumuzda bir sürü fonksiyon oldu ve daha ayrıntılandırılabilir ama şuan için miRNA'ların işimizi göreceğine, ileride gereken parametreler için yeniden fonksiyon ekleyebileceğimize  karar verdik.

Bir de kullandığımız fonksiyonlardan kısaca bahsetmek istiyorum. BioMart'ta hazır intron verileri olmadığı için, genlerden eksonları çıkararak intronları bulma yoluna gitmiştik. Bu yüzden bir "findIntrons" fonksiyonu yazdık. Daha sonra intronları listelemek için "findIntronList" fonksiyonu ekledik. BioMart'tan aldığımız her veride, sekansları tanımak için ID'leri ve pozisyonları da olsun istiyorduk. Bu ID ve sekansları birbirinden ayırmak için bir "parseFasta" fonksiyonu yazdık. Sonrasında "generateMirna" fonksiyonu ile miRNA'ları bulduk. miRNA'ların eksonlara komplementer olması için, bulduğumuz miRNA olasılığı olan sekansların ters (reverse) ve komplementer (complementary) sekanslarını almamız gerekiyordu. Bunun için "generateMirna" fonksiyonumuzda çağırmak üzere bir de "revComp" fonksiyonu yazdık. Gerekli düzenlemeler yapıldıktan ve fonksiyonlar çağırıldıktan sonra kodumuz hazırdı. Afiyet olsun :)

Sonrasında yine Django'dan bahsettik ve yarın için Django çalışma programımızı konuştuk. Bir kitaptan yine hep beraber ilerlemeye çalışacağız. Anlayacağınız bol kod yazmalı bir gündü, kodun çalışması ödülümüz oldu.

Sevgiler,

Elif