Yaz Stajında Bugün Ne Yaptık

Bir hocamın "Biz biyoinformatikçi değiliz Burak" diyerek biyoinformatik konusunda beni desteklemesi(!) ve benim biyoinformatik alanına yönelmem ile bu yaz kendimi ciddi anlamda geliştirmeye başladım. Yazın hazırladığımız dökümanlarda yazılı olan bir çok şeyden fazla konuda hem akademik hemde kişisel olarak kendimizi geliştirdik. 

Yaz stajından sonra bir çok arkadaşımız okul hayatlarına devam ettiler.Yoğun okul döneminde biyoinformatik ile çok ilgilenemedik. Ben bu yazımda, biyoinformatik ile ziraatte nerelerde karşılaştığımdan ve nasıl katkı sağladığımdan (her zamanki gibi kısa şekilde) bahsetmek istiyorum.

2. sınıftan itibaren 08:00 - 17:00 arasında neredeyse tüm boş vakitlerimi bölümümün moleküler genetik laboratuvarında geçirdim. Laboratuvar tekniklerine yönelik çok şey öğrendim. Ama çoğu zaman moleküler analizlerin neden yapıldığı ve nasıl analiz edildiği konusunda bilgi eksikliği hissediyordum. Bu konularda bilgi sahibi olmak için okulda çok uğraş verdim fakat amacıma ulaşamadım. Bende kişisel olarak kitaplardan yavaş yavaş öğrenmeye başladım.

Bu yaz stajında ise, moleküler verilerin nasıl analiz edildiği konusunda bilgim oldu. Yaz stajından sonra fark ettiğim konu ise, farklı analiz yaklaşımlarına da kolaylıkla adapte olabilmem oldu. 

Bu okul dönemi içerisinde karşılaştığım biyoinformatik projelerinin ana kapsamından bahsetmek istiyorum. Bir Avrupa Birliği Projesi kapsamında 512 bitkinin exon array verileri sekanslanacak. Tahmin ediyorum bu analizlerin yapılacağı dönem misafir olarak analiz işlemlerine dahil olacağım. Bir doktora öğrencisine AMOVA konusunda ve Bayes yaklaşımı konusunda ön bilgi verdim. Başka bir doktora öğrencisine ise PCA konusunda bilgi verdim.

Bayes yaklaşımını biz bu yaz hep beraber öğrendik. PCA yaklaşımını biz bu yaz bir skype görüşmesi ile öğrenmeye başladık.

Benim için macera devam ediyor.
Sevgiler,
Burak ÖZGÖREN

Büyük Resmi Görebilmek

Aslında her şey bir soru cümlesiyle başladı:”Biyoinformatiği biliyor musun?”. Cevabı hayır olan bu soru için , eğer yaşamımda bana yeni ufuklar açacak, hayata daha farklı bakmamı sağlayacaksa elbette ki bir cevap bulunmalıydı. İşte tam bu noktada başladı araştırmalarım ve biyoinformatik alanında paylaşımlar yapan bir blog sitesini takip etmeye başladım. Sonrasında ise takip ettiğim bu biyoinformatik blogundan biyoinformatik alanında yaz stajı diye bir çağrı geldi.

Veda Zamanı

"Staj, öğrencilerin eğitim-öğretim dönemlerinde edindikleri teorik bilgilerin veya laboratuvar ölçekli pratik uygulamaların, büyük ölçekli endüstriyel üretimlerde nasıl yer aldığını gördükleri, çalışmalara aktif olarak katılarak bilgi ve becerilerini geliştirdikleri, mesleğe ilk adım attıkları önemli bir süreçtir." 

Merhaba,

Bu yaz GenKöK Biyoinformatik departmanında yaptığımız stajın sonuna geldik. Türkiye şartlarına göre ortalamanın çok üzerinde bir staj dönemi geçirdiğimi rahatlıkla söyleyebilirim. Üniversitedeki arkadaşlarıma stajda neler yaptıklarını soruyorum, genelde üretim süreçlerine katılamadıklarından ve fotokopi çekmekten yakınıyorlar. Fakat bu staj, bir stajdan daha çok bize bireysel eğitim imkanı sağladı. 

25 Ağustos Haftası

25 Ağustos haftası, bu yaz gerçekleştirdiğimiz çalışmaların son haftası. Tüm çalışmaların özetini ayrıca paylaşmayı planlıyorum, bu nedenle bu yazıda sadece bu hafta neler yaptığımızı özetleyeceğim.

Tuna Projesi üzerine fikir çilem devam etti bu hafta da. Bu projeyi nasıl herkese açık hale getirebiliriz, bunu düşünüyorum. Böylece ortaya hem büyük bir ürün çıkarabiliriz, hem de öğrenme sürecine dahil olmak isteyen herkes için büyük bir fırsat olur. Her neyse, ilerleyen zamanlarda bunu göreceğiz.

Eylül'ü Seçtim, Çünkü O Vedalara Pek Bir Alışık..

Eğitim başladığından itibaren büyük resimden bahsediliyordu. Şimdi büyük resmin içindeyim ve resme bakarken fark ettiklerimi, kazandıklarımı yazıya dökmek istiyorum. Ahmet Raşit Hocamız “Her zaman kendinize dışarıdan bakan ve size davranışlarınızı objektif olarak analiz etmenizi sağlayan ikinci bir ben tutun.” derdi. Kimilerine bu tabir şizofreni belirtisi gibi gelebilir fakat bunu başarabilirseniz daha doğru adımlar atabilirsiniz.

Uzun süredir bir “ben” daha var, benden öte... Beni sürekli uyaran, sevgiyi doğruyla karıştırmayan ve yol gösteren. Bugün onun dilinden yazacağım.

Her Son Bir Başlangıçtır

Herkese Merhabalar,

Artık stajın sonuna geldik. Oldukça eğlenceli ve öğretici geçen bir eğitimin sonuna gelmek bizim için çok üzücü. İnsan keşke daha uzun sürseydi demeden edemiyor. Bu son yazımda sizlere burada neler kazandım, benim için neleri değiştirdi bu staj bunlardan bahsedeceğim.

Bu staj için hayatımda yaşadığım en farklı deneyimlerden biri oldu diyebilirim. Başka stajlarda yapmıştım daha önce ama bu onlardan daha farklıydı. Diğerleri zaten laboratuarlarda geçen stajlardı bu yönden bakınca bile bu staj zaten farklı ama burada yapılan sadece bir staj değildi. Burada sadece biyoinformatik üzerine eğitim almadık. Çok iyi bir şekilde programlanmış bu yaz stajına dahil olduğum için Ahmet Hoca’ya ne kadar teşekkür etsem az olur.

18 Ağustos Haftası

18 Ağustos'ta aramıza iki ekip üyesi daha katıldı: Hana ve Mehmet Akif. Artık standart hale gelen eğitim sürecinden onlar da geçmeye başladılar. Bildiğiniz gibi süreç Scratch'de önceden belirlenen oyunları yazarak başlıyor. Ardından Python kullanarak yine önceden tanımlanmış problemleri çözerek devam ediliyor. 

Diğer ekip üyeleriyle ise Django'da web uygulaması geliştirme üzerinde çalışmaya devam ettik. Yine saatler boyunca hatalarla boğuştular, fakat sonunda bir şekilde bu hataların üstesinden gelerek aşama aşama çalışan uygulamalar ortaya koydular. D3'ü başarılı bir şekilde Tuna Projesi'ne entegre ettiğimizden de bahsetmemiz gerek. İlk aşamada, verilen bir gen üzerindeki bölgesel GC oranlarını bir grafikte gösterdik. Buna ek olarak aktivitelerimiz arasına Coursera'daki Machine Learning dersini de ekledik; dersleri birlikte takip ediyor ve konuları tartışarak ilerliyoruz.

Zamanlardan ' VEDA ' Zamanı...

Merhabalar...

Vedaları hayatım boyunca hiç sevmedim. Biyoinformatik stajımızın son günlerine geldiğimizi üzülerek söylemeliyim. Ortak blog yazılarımda sizlere veda ediyorum ama beni kişisel bloğumdan takip edebilirsiniz. 

01.09.2014 - Veda İçin "Çak Bir Selam..."

Herkese merhabalar,

Stajımız 12. haftasını doldurmaya doğru yol alırken, üzülerek de olsa bu yazının son blog yazım olduğunu sizlere söylemem gerek. Stajımız hiç ama hiç istememe rağmen bitişe yaklaşıyor. Her ne kadar bağları koparmadan projelerimize ve çalışmalarımıza devam edecek olsak da, yan yana olmak aynı havayı solumak hepimize gerçekten çok iyi geliyor. Bu yazı benim için biraz duygusal bir yazı olacak gibi gözüküyor...

28 Ağustos

Merhaba arkadaşlar,

Genom ve Kök Hücre merkezinde 1-3 Eylül tarihleri arasında  " 1st International Advisory Board Meeting " programı düzenlenecek. Bu kapsamda bugün, programa katılacak uluslararası konuşmacılar hakkında sunumlar hazırladık. Herkes bir veya iki konuşmacı hakkında araştırma yapıp bize kısa özgeçmişlerini ve çalışma alanları hakkında hazırladıkları sunumları yaptı. Böylece hepimiz konuşmacılar hakkında bilgi edindik.

27 Ağustos

Herkese merhaba,

Son metrelere girdiğimiz şu günlerde oldukça yoğun bir program ile karşı karşıyayız. O kadar çok yapılacak şey var ki günler yetmiyor. Machine learning, sunumlar, yaklaşan etkinlikler, D3, Tuna ve çıkaracağımız kitap bu aralar üzerine ciddi bir şekilde üzerine zaman harcadığımız konular.

26 Ağustos

Merhaba,

Yaz stajı eğitimimiz git gide son şeklini alırken bazı şeyler daha da yerine oturmaya başladı. Bu hafta için de programımızı yaptıktan sonra kaldığımız yerden çalışmaya devam ettik.

Kısaca bu haftaki programımızdan bahsedecek olursam, şu an en önemli görevimiz çıkaracağımız biyoinformatik kitabımız hakkında araştırma yapmak, kitapta neler olması gerektiği üzerinde konuşmak ve biyoinformatik meraklılarına hitap edecek, onların tüm beklentilerini karşılayabilecek güzel bir çalışma ortaya koymak. Bunun için eğitimde kalan tüm stajyelerle birlikte durmadan düşünüyoruz, durmadan ortaya ürün koymaya çalışıyoruz. Sizler için çıkaracağımız kitabımıza maddi olarak yardımda bulunabilecek okuyucularımıza da buradan bir seslenmiş olalım :). Türkiye' de belki de tarzında bir ilk olacak kitabımız, aynı zamanda biyoinformatik kaynaklarındaki Türkçe yetersizliğe karşı güzel bir başlangıç olacak.

25.08.2014 - Az zaman, çok iş...

Herkese merhabalar,

Dışarıda havanın nefes alınamayacak kadar sıcak olduğu şu günlerde, GenKök’ te klimalarımızın altında sabahın erken saatlerinden gecenin ilerleyen saatlerine kadar çalışmalarımıza devam ediyoruz. Stajın son ayında olmamızdan ötürü içimizde bir hüzün olsa da, yetiştirilmesi gereken projelerimiz, bitmesi gereken çalışmalarımız devam ediyor.

22 Agustos - Veriler ve Öğrenme

Merhaba, 

Bugüne Tuna projemizde kullacağımız özellikler için pythonda programlar yazarak başladık. Bu programlar verilen genler üzerinde metin bazlı  işlemler yaparak araştırma yapan kişiye bazı bilgileri veriyor.Tuna projemizde öncelikli amacımız, gen üzerinde yapılan araştırmalara farklı bir pencereden bakmak. Bu hedefimiz doğrultusunda, bugün küçük programlar yazarak projemize sürekli yeni özellikler ekledik.Yazdığımız bu programları kullanarak,  verilen gen üzerinde belirli parçaların ortak özelliklerini ve belirgin noktalarını gözlemleyebiliyoruz.Programlarımızı yazdıktan sonra sırada verilerimizin görselleştirilmesi vardı.Görselleştirme için D3 (Data Driven Documents) sitesini kullandık.D3 bir javascript kütüphanesi ve bu kütüphaneyi HTML,CSS ve Djangoya beraber kullanarak verilerimize hayat veriyoruz.

21 Ağustos

Merhaba arkadaşlar,

Bugün Machine Learning konusunda online dersleri takip etmeye devam ediyoruz. Stanford Üniversitesi'nden Andrew Ng nin Coursera'daki derslerini takip ederken Ahmet hocamızda bizimle birlikte derslere katılıyor ve kavramakta zorlandığımız noktalarda bize mantığını anlatarak konuyu daha iyi anlamamızı sağlıyor.Machine Learning derslerini izlerken farkettiğimiz bir nokta, elimizdeki verileri iki boyutlu ortama aktararak problemin bir geometri problemine dönüşmesi.

Fikir Bağı

Tekrar merhabalar,

Geçen hafta stajımın bitmesi nedeniyle artık gün içinde neler yaptık, neler öğrendik diye yazamamaktayım. O yüzden bu sefer sizlere beş hafta süren stajımın benim için nasıl geçtiğinden bahsedeceğim. Stajımızın ismi “Biyoinformatik Yaz Stajı”. Fakat bu stajda biyoinformatikten kesinlikle çok daha fazlası var. Öyle ki öğrendiklerimi düşünüp gözden geçirirken bütün bunları beş haftada mı yapmışız diye şaşırıyorum. 

11 Ağustos Haftası

11 Ağustos haftası Bayes ve  Django üzerine deneyim kazanıldığı bir haftaydı. Bir önceki hafta başladığımız çalışmayı bu hafta daha da geliştirdik ve çalışan bir web uygulaması geliştirdik. Bayes'i ne kadar önemsediğimden daha önce de bahsetmiştim; bu çalışma Bayes üzerinde daha fazla zaman geçirmek açısından bence gayet güzel bir fırsat. Geliştirdiğimiz analiz yaklaşımını Django ile entegre ederek hem içerik, hem de şekil yönünden olgunlaşmış bir ürün ortaya çıkardık. İstatistiğin mantığını anlamak büyük bir önem arzediyor

Skype konuğumuz olan Yrd. Doç. Dr. Ömer Sinan Saraç da istatistiğin önemini çok güzel bir şekilde vurguladı. Düşüncelerinden ve yaklaşımlarından büyük dersler çıkardığım Sinan Hocamız Machine Learning (Makina Öğrenmesi) konusunda bizlerin iştahını açtı; bu konuda kendimizi geliştirmek için izlediğimiz yolu güncel yazılardan takip ediyorsunuzdur.

20 Ağustos

Herkese Merhaba

Yoğun geçen bir çarşamba günü daha buradayım. Aramıza yeni katılan arkadaşlarımız ve ayrılan arkadaşlarımızın olduğunu diğer arkadaşların yazılarından zaten biliyorsunuz. Son durumda Ahmet Raşit Hoca ile birlikte 9 kişilik bir ekip olduk. Bu son durumda kendimi orta kuşağa dahil ediyorum ve bu konuda oldukça şanslı olduğumu düşünüyorum. Böylece benden önceki ve benden sonraki grubun gözünden olaylara bakabilme fırsatına sahip oluyorum. Bu sayede iki grubun ne düşündüğünü kolayca anlayabiliyorum. Dün staja gelmemiştim ve bugünün planı oldukça güzel bir şekilde yapılmış. Her ne kadar ufak tefek aksaklıklar olsa da elimizden geldiğince programa bağlı bir şekilde ilerledik. Sanırım artık neler yaptığımıza geçebiliriz.

19 Ağustos

Merhaba,

Haziran grubu olarak Burak ile ben, Temmuz grubu olarak da Osman, Mustafa, Hande ve Ayşegül ile eğitimimize devam ederken Ağustos grubu aramıza katıldı. Mehmet Akif ve Hana'nın aramıza katılmasıyla üç farklı grup üç kuşak algısını oluşturdu. 

18.08.2014 - Yenilerin farklılığı...

Herkese yeni bir günden merhabalar,

Blog günümün değişmesiyle artık cumartesi değil pazartesi günlerinde stajımızın nasıl geçtiğini sizlere aktarmaya çalışacağım. Bu pazartesimizde Çağla ve Evrim’in staj sürelerinin sona ermesiyle, özlenecek arkadaş sayımız iyice artmış oldu. Her birinin yerleri çok ayrı ve her biri çok fazla özleniyor. İlk fırsatta tüm grubun bir yerde, bir şekilde, tekrar bir araya gelebilmesi umuduyla... (= Bu günümüzde aramıza katılan iki yeni arkadaşımız var. Sevgili Ağustos grubumuzun üyeleri Hana KAMER ve Mehmet Akif VERAL aramıza katıldıklarına memnun olduğumuz, tatlı ve güzel insanlar hoş geldiniz.