27.07.2014 - Buralara bayram havası esti...

Yine yeni yeniden hepinize merhabalar...

Biz biyoinformatik stajyerlerini evlerine dağıtan bayram tatilinin içindeyiz. Herkes ailelerinin yanında ve oldukça iyi vakit geçiriyor. Hepimizin tek şikâyeti ise tatilimizi yaparken, bu stajdan uzak kalıyor olmamız. Bir günümüz ayrı geçti ama tüm gün mesajlaşmalarımız devam etti. İkinci ailemizin her bireyi diğer bireylerini şimdiden çok fazla özledi. Tatilin biran önce bitmesini, bittiğinde ise tekrar bizleri bekleyen o tatlı sunumlarımıza, bilgi dolu derslerimize, hayat tecrübesi kokan skype görüşmelerimize, en lezzetli soslardan yapılmış programlama derslerimize, beraberliğin güzelliğiyle anlam kazanan filmlerimize ve oyunlarımıza bir an önce kavuşmayı çok istiyoruz. (=

21 Temmuz Haftası

Zaman çok çabuk geçiyor. Çalışmalarımızın 7. haftasını bitirmişiz, ancak sanki daha dün başlamış gibiyim. Üstelik çalışmalarımız boyunca geçirdiğimiz her bir gün aslında sıradan üç güne bedel. Yüksek motivasyonla saatler boyunca durmadan çalışıyoruz. Hatta bu durumun başlarda biraz yadırgandığını bile söyleyebilirim. Bir devlet kurumunda insanların neden sabaha karşı 4'e kadar çalıştığı eminim birçok kişinin kafasında soru işaretiydi, ancak artık insanlar gerçekten de bu işi sevdiğimizi biliyorlar. Temmuz Grubu'nun da aramıza katılmasıyla neredeyse 24 saat boyunca bizden birileri bulunuyor binada, motivasyonumuzun ne düzeyde olduğunu varın siz düşünün. Bu ne bir kuralla, ne de bir zorlamayla oluşturulabilecek bir çalışma düzeni değil; ekibimizin çalışmaya ve öğrenmeye ne kadar hevesli olduğunun bir göstergesi.

Çalışma ortamının sağlıklı olması da bu düzenin devam edebilmesi için en temel faktörlerden birisi, ve bunun için GenKök'e olan şükranlarımızı ne kadar ifade etsek az. Üniversite Rektörümüzün vizyonuyla şekillendirilen ve Ankara'nın doğusunda görmeye pek alışık olmadığımız ancak gelişmiş araştırma merkezlerindeki altyapıları aratmayan bir tarzda ortaya çıkarılmış bu bina ve kültürden övgüyle bahsetmek gerek. Merkez yöneticilerimizin tamamı ve çalışanların bir kısmının gayretleriyle hayata geçirilen bu eseri bir fırsatını bulursanız mutlaka görmenizi isterim. Çalışanların bir kısmı dedim, çünkü az sayıda da olsa diğer bir kısmı klasik devlet memuru kafasıyla mümkün olduğunca işten kaçıyor ve en fazla 15 dakikada tamamlanacak işler için 3 gün sonrasına randevu veriyor. Bu durumdan oldukça muzdaribim ancak yapılan onca güzel işi gölgelemesin diye daha fazla bahsetmek istemiyorum.

24 Temmuz

Herkese merhaba,

Bugün temamız ayrılık ve tatil psikolojisine geçiş. Ekibimizden Haziran grubu yavaş yavaş ayrılıyor. Birlikte yoğun 3 hafta geçirince ayrılmak daha da zor oldu. Bugün Cansu ve Emre'yi uğurladık. 3 tane bozulmuş 1000 parçalık puzzle bitmeden bırakmadık tabi ki:) Başladığı işi bitirmeden bırakmayan biyoinformatik ekibi olarak puzzle tamamlama heyecanıyla sabahladık. Puzzle bahane ekip olmak şahane :) 

24 Temmuz- "Ne Stajdı Ama!"

Herkese Merhaba,

Bugün stajı bitmiş biri olarak yazıyorum. Tüm staj boyunca ne yaptığımız, neler kazandığım hakkında bir şeyler paylaşmayı düşünüyorum sizlerle. Keyifli okumalar :).

Hayatımın en güzel, keyifli, farklı ve öğretici staj programıydı. Ahmet Hocamız sağolsun çok düşünmüş ve çok iyi bir program hazırlamış bizim için. Her birimizle çok özel olarak ilgilendi ve çok büyük emek sarfetti. Bize bu fırsatı sağladığı için kendisine ne kadar teşekkür etsem yetersiz kalacağını biliyorum. Türkiye şartlarında kendisi türünün tek örneği diyebilirim :). Kendisinden eğitim almaktan hem de tanımaktan çok memnun oldum. Bizim için hocadan da öte hem bir abi hem de arkadaş oldu. 

14 Temmuz Haftası

İnsan en iyi yaparak öğrenir derler, bu nedenle çalışmalarımızın odağı "yapmak". 14 Temmuz haftasının da bence en önemli dersini takım oyunumuzla içselleştirdik. Detaylarını bloglarda okumuşsunuzdur, amacımız takım çalışmasında dikkat edilmesi gereken kuralların ne olduğu ve bu kurallara aykırı hareket edildiğinde ortak bir amaca ulaşmanın ne denli zor olduğuydu. Özellikle son oyunumuzda, tek bir merkezden idare edilen süreçlerde bu merkezin kararlarını yetersiz bulan ikinci bir karar mekanizmasının devreye girmesi sonucunda yine de ortak hedefe ulaşılamadığını görmüş olduk. Tabii ki bu sadece bir oyundu, ancak sanırım herkes hissesine düşen dersi aldı.

23 Temmuz

Yeniden merhaba,

Ayrılık rüzgarlarının estiği bu haftamızda hepimiz biraz yorgunuz, muhtemelen bayram tatilinin psikolojik etkisi. Bu günümüz yaptığımız ayrı ayrı çalışmalar ve gidişlerle geçti.

Bugün yine öğlen başladık çalışmaya. Herkes kendi işine bakıyordu: Bihter ve ben bir süredir uğraştığımız işlere devam ettik, Cansu kendi proje çalışmalarına, Emre puzzle'a, Temmuz grubu kod yazmaya ve Ahmet Hoca da hepimize :) Akşam yemeğindeki pizza partimize kadar böyleydik ki o zamana kadar herkes epeyce ilerlemişti. Pizzadan sonra ise veda zamanları vardı: Haziran grubu iki üyesini daha temelli uğurladı. Ben bugün ayrılıklarımızdan bahsetmek istiyorum.

23.07.2014

Burada neler yaptığımızı merak eden herkese yeniden merhaba,

Yine her çarşamba olduğu gibi yazma sırası bende. Günler oldukça yoğun ve hızlı geçiyor hatta yetmiyor bile diyebilirim. Çok yoğun geçen son iki günden sonra oldukça yorulduk. Yeni şeyler öğrendikçe kafamız karışmaya başlıyor diyebilirim. Özellikle "D3" ve "Bayseian istatistiği" kafamı yeterince karıştıran konular oldu. Ama zor diye pes etmek yok daha uzun bir yolun başındayız. Skype konuşmaları da bizim için oldukça faydalı geçiyor ve her konuşmada kendimize önemli dersler çıkarıyoruz. Kısacası burada günler yorucu, öğretici ve eğlenceli geçiyor.

21.07.2014 - Ekip Ruhu

Merhabalar....

Yeni bir günün ışığını yüzümde hissederek uyandım. Uykusuz, yorgun gecelerin ardından enerjimi toplamaya çalışarak güne başladım. Uykusuzluk gözlerimi açmamı zorluyordu. Uykulu bir halde Gen Kök'e geldim. Gözlerim birden açıldı. O da ne? Puzzle'larımız bozulmuş, koyduğumuz yerden yanlışlıkla düşmüş ve dağılmışlardı. Grup olarak baya üzüldük ama tekrar yapmak için uğraşmaya başladık.

22 Temmuz

Yine yoğun geçen bir salı gününün ardından herkese merhaba,

Gelecek hafta bayram nedeniyle stajımıza kısa bir ara vereceğimiz için günlerimizi en verimli şekilde geçirmeye çalışıyoruz şu sıralar. Bugün yaptıklarımızı olabildiğince kısa anlatmaya çalışacak olsam da şimdiden uzun bir yazı olabileceği konusunda sizi uyarayım.

Normalde farklı günlerde yaptığımız iki Skype görüşmemizi bu hafta için bir güne sığdırdık. İlk görüşmemizi Bilkent Üniversitesi'nde doçent olarak görev yapmakta olan Michelle Adams ile gerçekleştirdik. İngilizce olarak gerçekleşen konuşmada yabancı bir hocanın gözünden Türkiye'deki koşullarla yurt dışındaki koşulların lisans, yüksek lisans ve doktoradaki farklılıklarını dinlemiş olduk. Bunun yanında Michelle Adams aramızdan yurt dışında çalışmayı isteyenler için de birkaç tavsiyede bulundu. Yurt dışı eğitimlerini gözümüzde büyütmeyip ne olursa olsun her zaman başvurmak ve bir problem olduğunda kendimizi çıkmazda hissetmeyip problemle başa çıkmaya çalışmak bu tavsiyelerden bazılarıydı.

21 Temmuz Pazartesi - Planlar ve D3js

                                               "Siz planlar yaparken, Tanrı da size yukarıdan kahkahalar atar."

Bu sıralar yukarıdaki sözün doğruluğunu kendini sürekli gösteriyor. Mesela pazartesi günü yazmam gereken bu yazıyı, salıyı çarşambaya bağlayan gece bilgisayarımın başına anca oturup akrep 3ün üstüne geldiğinde yazabildim. Yoğun bir pazartesi günü geçirdim. Derin bir nefes alıp neler yaptığımızı anlatmaya haydi başlayalım.  

22 Temmuz

Merhaba;

İnsanoğlu her alanda farklı görüşlerde de olsa genel bir düşünce kıyaslandığında genellikle iki gruba ayrılır. Bu ifadeyi biraz daha açıklayacak olursam, bugün izlediğimiz Maymunlar Cehennemi: Başlangıç filminin sonunda film eleştirisi üzerine gerçekleştirilen ve aslında bir zamandan sonra herkesin kendi dünya görüşünü satır aralarına sıkıştırdığı bir konuşma yaşandı.

• Gen terapisi her zaman insanlığın yararı üzerine mi yapılıyordu? 
• Bir şeyin etik olması için iyi niyetin tek taraflı olması yeterli miydi? Örneğin, insanın doğası gereği var olan davranışlarını sürdürmesi bir diğer canlıyı etkiliyorsa iyi niyetten bahsedebilir miydik? 
• Bilim yapma endişesinden çok ticari kaynak sağlama politikasına yöneldikçe doğru yolda olduğumuzdan söz edebilir miydik? 
• Çoğunluğun kurtarılması amacıyla azınlığın denek olarak kullanılmasıyla geliştirilen ilaçların kullanımı adil miydi? 
• Ya da deneklerin ilaç tasarımı sırasında yan etkilerden dolayı kaybedildiğini bile bile o ilaç kullanılır mıydı? Kullanırım veya kullanmam demek arasında ne kadar da ince bir çizgi vardı aslına bakılırsa.. 
• Denek olarak hayvanların kullanılmasında insanlar olarak ne tür bir hakka sahiptik? Hayvanlara söz hakkı verilme gibi bir imkan olsaydı acaba neyi tercih ederlerdi? 

21 Temmuz

Bütün okuyucularımıza merhabalar;

Bu hafta benim için stajın son haftası olduğu için diğer haftalardan çok farklı ve hüzün dolu bir hafta olacak ve hatta olmaya başladı bile. Birlikte çalışmaktan ve vakit geçirmekten çok zevk aldığım staj arkadaşlarımdan ayrılmak gerçekten zor geliyor. Asıl zor olanı da Ahmet Hocamızın her söylediği, her yapmamızı istediği ve her anlattığı şey ile hayatımıza kattığı şeylerden uzak kalacak olmak. Gidiyorum ama aklım hep burada kalacak.

Adeta her şey beni gitmekten vazgeçirmek için planlanmış bir düzenmişcesine bugün hep beraber harika bir gün geçirdik. Ben de bu yazımda sizlere bugün geçirdiğimiz bu harika günde neler yaptığımızdan bahsedeceğim.

19 Temmuz 2014 - Hafta sonumuz...

Herkese merhabalar.

Günden güne daha iyiye giden gelişmelerin sonuçları olumlu oldukça, staj öncesinde ayrı ayrı olan biz stajyerler için aile ruhu kadar güzel olan, grup ruhumuz adeta tamamlanmamıza yol açıyor. Bu ruhun oluşması için bütün emeğini ortaya koyan Ahmet hocamıza ise çok teşekkür ediyorum. Stajımızın ikinci hafta sonunda uyanır uyanmaz koşarak geldiğimiz Genkök’te bir arada olmak, gerçekten de bizim için iç açıcı bir güzellik.

18 Temmuz Cuma

Merhaba arkadaşlar :)

Bugün stajımızda Ensembl Genome Browser üzerinde durduk. Bu web aracı, bize birçok organizmaya ait genom verilerine ulaşmamızı sağlıyor. En güzel tarafı, bizim ihtiyacımız olan verileri bize sunması. Fasta formatını istediğimiz verilerle yaratabilmemiz bizim işimizi çok kolaylaştıran bir yanı.

7 Temmuz Haftası

Geçen hafta tamamlanması gereken bu yazıyı ancak gönderebiliyorum, bu sıralar uyumaya dahi fırsat bulamadığım bir yoğunluğun içerisindeyim.

7 Temmuz, ekibimizin sayıca iki katına çıktığı gün, ve bu günü birkaç haftadır merakla bekliyordum. Sosyal psikolojiyi çok severim ve fırsat buldukça da okumaya çalışırım, bu alandaki ilgimi çeken en önemli konu ise grup davranışları. Teorik olarak, iki grubun karşılaşması durumunda ortaya çıkabilecek sorunlar, çözüm yolları, muhtemel yol haritaları vb. üzerine çok bilgim var, ve geçen hafta bu bilgiyi pratiğe dönüştürme imkanı buldum.

18 Temmuz Cuma - Veri Kaynaklarımız

                                                                                                  Devler gibi eserler bırakmak için , karıncalar gibi çalışmak lazım.

Necip Fazıl KISAKÜREK 

       Merhabalar ,  blogumuzdaki yazıları  acaba yarın ne olacak , ne yazılacak merakıyla takip eden tüm okuyucularımıza , takipçilerimize .

      Bugün güne elimizdeki verilerde incelemeler , hesaplamalar yaptığımız programlama dili olan  pythonda programlar yazarak başladık.Kullandığımız verileri hangi kaynaklardan elde ettiğimizi bugün ayrıntılı bir şekilde inceledik.Örneğin ensembl genom browser sitesinden  birçok canlı türüne ait gen dizilimlerine(genomlara ait bilgiler) ve farklı tür genomlara ait istatistiksel sonuçlara ulaşabilirsiz.

17 Temmuz- Bu İş Bu Kadar!

Herkese Merhabalar,

Size en son Django diye bir şeyin varlığından ve öğrenmenin ne kadar işkence olduğundan bahsetmiştim. Çok şükür Ahmet Hocamız bizi bu dertten de kurtardı. Farkındaysanız kendileri önce başımıza iş açıyor sonra yine kendisi çözüyor :) Çok uzun uğraşlarımıza rağmen Django' nun içinden çıkamayınca akıl sağlığımızın devamlılığını korumak için sağolsun yardımcı oldular. 1 saat gibi kısa bir sürede geceli gündüzlü üç gün uğraştuğımız Django ' yu alt etmeyi başardık. Aslında çok eğlenceli ve harika birşeymiş meğerse şu bizim Django. Ama gelin görün ki piyasada bu programı kullanmayı öğretecek adamakıllı bir kaynak bulunmadığı için öğrenirken epey zorlandık. Neredeyse Django 'nun kullanmadığımız sürümü okumadığımız kitabı kalmadı :). İstediğimiz sonucu aldığımızda gözlerimizdeki pırıltıyı görmeliydiniz. Hakikaten  o an bizim için muhteşem bir andı :). 

17 Temmuz

Merhabalar sevgili takipçilerimiz :)

Burada zaman çok hızlı akıyor, bir hafta ne kadar da çabuk geçti gerçekten. Temmuz grubu olarak hızlı ilerlediğimiz de söyleniyor zamanla yarışıyoruz sanırım :) Python'da fonksiyon yazmada epey pratik yaptık ve bir sonraki alıştırmalarımızı heyecanla bekliyorum. Bana kalsa ben bir an önce python da istediğim kodu yazmayı bilmek istiyorum, tabi bir anda o aşamaya gelinmiyor ama bu konuda çok sabırsızım. Haziran grubunun çalışmalarından duyduğum kadarıyla daha sırada Django ve D3 var.

Bugün Burak arkadaşımızın öncülüğünde microarray analizi adımlarını öğrendik. Bunun için öncelikle NCBI-GEO'da tanımlanmış gen setini kullandık ardından da Web-Gestalt'da sonuçların değerlendirmesini yaptık. Microarray çalışmamız sonrasında temmuz grubu olarak "puzzle"ımızı tamamladık.

Her akşam olduğu gibi iftar yemeğimizle günümüzü kapattık. Yemek sonrası da voleybol oynayarak çalışmalarımıza biraz ara vermiş olduk.

Haftaya yeni çalışma ve etkinliklerimizde görüşmek üzere,

Sevgiler.

16 Temmuz

Bir çarşamba daha merhaba,

Kendi adıma staj sürecimizin en yorgun ve uykusuz günlerini yaşıyorum Django yüzünden ama iki gündür Django'da kat ettiğimiz yol gösteriyor ki, onu alt ettik :)

16 Temmuz

Burada neler yaptığımızı merak eden herkese merhaba,

Yoğun ve hızlı geçen günlerin ardından yine yazma sırası bana geldi. Oldukça yorucu fakat bir o kadar da eğitici bir hafta geçirdik. Günlerin nasıl geçtiğini zaten diğer arkadaşlarımın yazılarından biliyorsunuzdur. Dün yaşadığım büyük süprizden dolayı bütün ekip arkadaşlarıma ve Ahmet Raşit Hocama teşekkür ediyorum. Yine yoğun bir gün geçirdik ve gece yarısı hala burada çalışıyoruz. Şuan herkesin çok yorgun olduğunu görebiliyorum fakat durmak var mı? Hayır tabi ki yok =).