11 Temmuz

Merhaba arkadaşlar,

Bu hafta Temmuz Grubundaki arkadaşlarımız ile ilk haftamızı bitirdik. Yeni gelen arkadaşlarımız çok hızlı bir şekilde staja adapte oldular ve motivasyonları çok yüksek. Bugün elimden geldiğince yeni arkadaşlara Python anlatmaya çalıştım. Herkes öğrenmeye çok açık ve uzun süreler problemlerle uğraşabiliyorlar. Bizleri hızlı bir şekilde yakalayıp projelerimize çabucak dahil olabileceklerini görebiliyorum.

Neler kazandım..

Merhaba arkadaşlar,

Bu hafta hem mutlu hem hüzünlü bir haftayı bir araya sıkıştırarak diğerlerine kıyasla daha duygu dolu bir hafta geçirdik. Uzun bir zamandır ne kendi blog sayfamda ne de ortak blog sayfamızda paylaşımlar yapamıyordum. Kişisel sebeplerimden dolayı bu hafta perşembe günü ekip arkadaşlarımdan ayrılmak zorunda kalarak Bolu'ya dönmem gerekti. Bugüne kadar kendi açımdan ve ekibin bir üyesi olarak neler kazandığımı sizinle paylaşmayı sağolsun Ahmet Hocamızda uygun gördüğü için ortak blog da yazma kararı aldım, umarım size de bir faydası dokunur :)

10 Temmuz - Biyoinformatiğe Genel Bakış

Merhabalar,

Biyoinformatik 2014 yaz stajına, 7 temmuz pazartesi başladım ve hızlıca adapte olmaya çalışıyorum. Staj hakkındaki duygu ve düşüncelerime, geniş anlamda kişisel blogumda  yer vermeyi planlıyorum. Perşembe günleri de edindiğim bilgileri buradan sizlerle paylaşıyor olacağım.

10 Temmuz - Gitmelere de Eyvallah

Yeniden Herkese Merhaba,

Temmuz grubunun da aramıza katılmasıyla ekibimiz daha da kalabalıklaştı. Onlarla da çok çabuk kaynaştık ve daha iyisi için daha büyük bir ekip haline geldik. Çalışma ortamımızı sığabilmek için epey bir değiştirmemiz gerekti. Onların bazı konularda bizden daha şanslı olduklarını düşünmüyor değilim. En azından biz de aynı yoldan geçtiğimiz için onların nerelerde zorlanabileceklerini ve nasıl açıklanırsa anlayacaklarını kestirebiliyoruz.  Diğer ekip arkadaşların yazılarından “Temmuz Grubu” grubu hakkkında yeterince fikir sahibi olduğunuzu varsayıyorum :) Ben bugün size gelenlerden değil de gidenlerden bahsedeceğim aslında. Hiç sevmesemde biraz duygusala bağlamayı düşünüyorum biyoinformatik namına çok bir şey beklememenizi öneririm :)

9 Temmuz

Merhabalar,

İkinci ayımıza başladığımız bu hafta, hepimiz için daha farklı geçiyor. Bildiğiniz gibi Temmuz grubu da haftanın başında aramıza katıldı. Birbirimize alışmaya başladık bile bence. Ekip kalabalık olunca beraber hareket etmek ister istemez daha zor olsa da üstesinden gelemeyeceğimiz bir şey yok tabii ki :).

09 Temmuz 2014

Bizi takip eden herkese merhaba. Bugün temmuz grubu için stajın 3. günü haziran grubu için ise 23. gün olmuş bile. Bu gün neler yaptığımızı anlatmadan önce staj ortamından bahsetmek istiyorum.

Bugün haziran ve temmuz grupları olmak üzere toplamda 12 kişilik bir toplulukla geçirdiğim 3. gün bitti. Ve şimdiye kadar gördüğüm en güzel staj grubu olduğunu söyleyebilirim. Haziran grubu geçirdikleri 1 aylık süreç içinde çok iyi çalışma ile olağanüstü bir bilgi  birikimine sahip durumda  ve bunu sürekli bizimle paylaşıyorlar ve önümüzde bu süreci çok daha yeni atlatmış bir grup oldukları için sıkıntılarımızı da çok iyi anlayabiliyorlar. Ahmet Raşit Hocamızın  bu gruplar arasında oluşturduğu denge sayesinde, saygı çerçevesi içerisinde oldukça eğlenceli zaman geçiriyoruz diyebilirim. Önümüzdeki günlerde bizi daha güzel günlerin beklediğini düşünüyorum.

8 Temmuz

Merhaba;
 

Eğitimimize başladıktan sonra geçen bir ay sürecinde az olmamızın ve beklentilerin ortak olmasının verdiği avantajla günlerimizi oldukça verimli geçirerek kendimizi Temmuz grubunun eğitimi için hazırladık. Bu süreç genellikle çok keyifli kimi zamanda sancılı geçti. Şimdi ise dün de Emre' nin bahsettiği gibi yeni arkadaşlar aramıza katıldı.

7 Temmuz

Merhabalar Arkadaşlar,

Bugün stajda ki 2. ayımıza girmiş bulunmaktayız. Hiç farkında olmadan çok güzel şeyler öğrenerek ve birbirimizle harika ilişkiler kurarak dört hafta geçirdik. Beşinci haftamız olan bu hafta ise diğer haftalardan daha farklı bir haftaya girmiş bulunmaktayız çünkü artık altı kişiden oluşan staj ekibimiz kalabalıklaştı ve yedi yeni arkadaşımızın da aramıza katılması ile artık 13 kişiyiz. Bu durumun etkisiyle de daha farklı bir sürecin içine girmiş olduk ve bu sürecin nasıl ilerleyeceği bizler için büyük bir merak konusu. Bugün gelen yeni arkadaşlarımızın heyecanlarını, meraklarını ve endişelerini görünce bir an için kendi ilk günümü ve geçen bir ayda farkında olmadan nasıl bu kadar ilerleyebildiğimizi düşündüm. Bunları düşünürken de kendimi gerçekten çok şanslı hissettim çünkü çok güzel bir ay geçirdik ve bugün ile başlayan ikinci ayımızın da aynı şekilde ilerlemesi en büyük temennimiz. 

30 Haziran Haftası

Çalışmalarımızın 4. haftasını da geride bıraktık, ve zaman su gibi akıp geçiyor. Ancak katettiğimiz yola baktığımızda olağanüstü bir performans sergilendiğine şahit oluyorum. Bu hafta yeni bir kavramla daha tanıştırdığım ekibimi sürekli zorladığımı hissediyorum, ancak onlar da bundan gayet keyif alıyor görünüyorlar :) Kendi bakış açımla bu hafta neler yaptığımızdan bahsetmek istiyorum.

5 Temmuz

Merhaba arkadaşlar,

Bu hafta yoğun fakat sonu güzel biten bir hafta geçirdik. Geçen hafta başladığımız miRNA fonksiyonumuzu bu hafta gerçek verilerle test ederek ve üzerinde geliştirme yaparak tamamlamamız aslında ne kadar da doğru bir yolda çaba gösterip ilerlediğimizin kanıtı oldu. Ayrıca son dakikalara sıkıştırılmış Django eğitimiyle hepimiz kendimize birer  web sayfası oluşturmayı öğrendik.

4 Temmuz

Bugün 4. haftamızın sonuna geldik. TUNA Projesi için Django'ya giriş yaptık. 

Django bizlere biraz farklı geldi. Çünkü biraz alışılmışın dışındaydı. Diğer web çatılarına göre daha ayrık ve karmaşık gibi görünüyordu. Başta alışılması zor olan bu durumun aslında bize büyük bir faydası var, elimizdeki problemleri daha küçük parçalara ayırarak çalışabiliyoruz. Bu yüzden başlarda zorlanabiliyoruz fakat alıştıktan sonra çok kolay ve pratik olarak kullanabileceğiz.

3 Temmuz- Nerden Çıktı Bu Django?

Yeniden Herkese Merhaba,

Kaldığımız yerden devam ediyoruz programımıza. TUNA Projemizin kod yazma kısmını büyük oranda tamamladık diyebilirim. Arka planı belli bir aşamaya geldi. Peki ya ön planda istediğine ulaşmak isteyen kullanıcılara nasıl bir şey sunulacak? Bunun için Web tabanlı hale getirilmesi gerekiyor. Web tabanlı hale getirilmesi ve görselliği hem kullanıcıların kolay kullanması hem de anlaması için en az kod kısmı kadar önemli. Peki biz bunun için ne yapacağız :) "Django"

2 Temmuz

Merhabalar, 

Dördüncü haftamızı da yarıladık. Bugünümüzün asıl olayı geçen hafta başladığımız miRNA projemizin kodunu bitirmemiz va çalıştırmamız oldu. Son bir pürüzü hallettikten sonra projemiz bitmiş olacak. Kod  yazmakla ilgili bugün söylemek istediğim asıl şey ise son iki gündür kullandığımız teknik.

1 Temmuz

3 haftayı geride bıraktığımız bugünlerde güne Skype görüşmesi ile başladık. Özel bir şirketin müdürü olan Zeynep ÇETEREZ’ in girişimcilik üzerine konuşmaları bize oldukça faydalı oldu. Ahmet Raşit Hocamızın bizim tek yönlü yetiştirilmemiz yerine bu alanlarda da fikrimiz olması gerektiğini düşündüğünden gerçekleştirdiğimiz bu görüşmede; şirket nasıl kurulur, kurulurken finans ne tür yerlerden sağlanır, ortak ile birlikte şirket kurmanın tek başına kurmaktan farkı nedir, proje yazarak hangi burslardan yararlanabiliriz, mikrokobi şirketlerin büyümesi için yardımcı derneklerin verdiği kilit bilgilerle şirket nasıl büyür, reklam ve pazarlamanın önemi nedir ve nasıl yapılmalıdır gibi genel başlıklar altında detaylı bir şekilde konuştuk. Sonunda ise sorularımızı sorduk ve yeterli cevaplar aldık. Görüşmenin sonunda artık her birimizin şirket kurmanın ilk adımı nasıl atılırdan itibaren kuvvetli nedenlere bağlayabileceğimiz fikirlerimiz oluştu. Her hafta Skype görüşmelerimizle bize destek olan hocalarımız sayesinde hayatımızı hangi yöne doğru şekillendireceğimiz konusunda da daha kararlı olmaya başladığımızı söyleyebilirim.

30 Haziran 2014

Merhabalar bizimle birlikte bu stajda olmayıp ama bizleri uzaktan takip eden sevgili okuyucularımız;

Bugün 4. haftamıza girmiş bulunuyoruz ve yine haftaya benim yazımla başlıyoruz. Bugün exonlar üstündeki miRNA'leri bulmayı hedefleyen fonksiyonlar yazmamız ile birlikte "miRNA Projemiz" için büyük bir ilerleme kaydetmiş oluyoruz ve bu bizler için büyük önem taşıyor. Bugünkü yazımda sizlerle bu fonksiyonları yazmak için sarf ettiğimiz çabadan, ama onun hemen öncesinde güne nasıl bir başlangıç yaptığımızdan ve en son olarakta günü kapatırken izlediğimiz harika filmden bahsedeceğim.

23 Haziran Haftası

Birlikte çalışmaya başlamamızın 3. haftasını geride bıraktık. Geçtiğimiz hafta neler yaptığımıza dair birçok detay bu blogda ve kişisel bloglarda paylaşıldı, yine de kısa bir özet iyi olur diye düşünüyorum.

Artık yavaş yavaş geri plana çekilmeye başlıyorum çalışmalarda; planlama, kodlama ve süreç yönetimi konusunda ekibimin yeterince olgunlaştığını düşünüyorum. Yine ikişer sunumla tamamladık haftayı, çok daha profesyonelleşmiş ve kişisel imzaların daha belirgin hale geldiği sunumlar dinliyorum büyük bir keyifle. Kodlama sürecinde farklı bir araç olan iPyhton Notebook'u denedik ve proje yönetimi konusunda deneyim kazanmak için üzerinde çalışmaya başladığımız miRNA projesinde bu araçtan faydalandık. Pivotal Tracker ve Wiki kullanarak gerçekleştirdiğimiz dökümantasyonun faydasına ilişin en belirgin gösterge ise, haftanın başında rahatsızlanarak projeyi evden takip etmek zorunda kalan Bihter'in projede geri kalmadan çalışmalarını yürütmesiydi. Burak ve Elif miRNA konusunda birer sunumla temel bilgileri edinmemizi sağladılar, Bihter ise görüntüleme yaklaşımları konulu sunumumu sanki kendisi hazırlamış gibi benimseyerek güzel bir şekilde bizlere takdim etti.

28 Haziran

Merhaba Arkadaşlar,

 Geçen haftadan itibaren kafamızda tam olarak canlanamayan projelerimiz ve ortak projemiz olan Tuna projesi hakkında detaylı bilgileri toplayarak neler yapacağımızın, hangi yolları izleyeceğimizin kaba taslak bir resmini bu hafta tüm ekip olarak çıkarmış bulunmaktayız.

27 Haziran

Ve bugün 3. staj haftamızın sonuna geldik. Bugün bireysel projelerimiz hakkında sunumlar yaptık. Bu sunumların bize birçok faydası oldu hem yeni gelecek ekip arkadaşlarımız için bir hazırlık oldu hemde ortak bir tartışma ortamı yakalayarak projelerimizin daha iyi şekillenmesini sağladı.

26 Haziran- TUNA'nın İlk Taşı

Merhabalar, 

Staj programımız tüm hızıyla devam ediyor. 3. haftamızıda tamamlamak üzereyiz. Artık TUNA projemiz ciddi manada şekillenmeye başladı.TUNA projesi ile ilgili çalışmalarımıza geçmeden önce gün içinde neler yaptığımızdan bahsetmek istiyorum biraz. Bugün güne Ahmet Raşit Hocamızın microArray konulu sunumu ile başladık. Aslında bu konu onun yüksek lisans tez konusuymuş. MicroArray nedir? Nasıl analiz edilir? gibi soruların cevabını aldık. Bu soruların cevabını alırken,aslında arka planda da doğru bir sonuca ulaşmak için biyoinformatikçilere ne kadar çok iş düştüğünü görmüş olduk. Aslında veriyi analiz etmek için gerekli programlamayı yazmak işin çok küçük bir kısmıymış. Asıl mesele o verinin doğru şekilde "Normalizasyon" ile verinin kıyaslanabilir hale getirilmesi ve verilerin bu esnada yanlışlıkla saptırılmamasıymış. MicroArray'in biyoinformatik analizi hakkında daha fazla bilgi edinmek için linkteki bloğu inceleyebilirsiniz.

25 Haziran

Bugün de merhaba...

Bizi takip edip de AG Biyoinformatik'i bilmeyen yoktur. Doğum gününü kutladık bugün AG'nin. Staj ekibimizle hazırlıkları tamamladıktan sonra Hocamız'la paylaştık.  Biraz duygusal biraz eğlenceli, hep beraber çok güzel vakit geçirdik. Nazar değimesin çok uyumlu bir ekibiz :)